Студија удружења на нивоу генома идентификује нове локусе за завршну фазу болести бубрега код Афроамериканаца приписану дијабетесу типа 2
Mar 04, 2022
Меији Гуан1,2, Јацоб М. Кеатон1,2, Латцхезар Димитров1,2, Памела Ј. Хицкс1,2, Јианзхао Ксу1,2, Ницхолетте Д. Палмер1,2,3, Лијун Ма4, Свапан К. Дас5, Иии-Дер И Цхен6, Јосеф Цоресх7, Мириам Форнаге8, Нора Францесцхини9, Холли Крамер10,11, Царл Д. Лангефелд12,13, Јосиф Ц. Мицхалецкиј14, Рулан С. Парекх15, Венди С. Пост7, Лаура Ј. Расмуссен-Торвик16, Степхен С.14, , Јероме И. Роттер6,17, Јохн Р. Седор18,19, Денис Тхорнлеи-Бровн20, Адриенне Тин7, Јамес Г. Вилсон21, Барри И. Фреедман4, Доналд В. Бовден1,2,3, Маггие ЦИ Нг1,2,3* и ФИНД конзорцијум
Апстрактан
Позадина: Завршна фазабубрегаболест(ЕСКД) је значајан проблем јавног здравља који несразмерно утиче на Афроамериканце (АА). Дијабетес типа 2 (Т2Д) је водећи узрок ЕСКД у САД, а напори да се открије генетска подложност дијабетесној болести бубрега (ДКД) су имали ограничен успех. Претходна студија асоцијације на нивоу генома (ГВАС) у АА са Т2Д-ЕСКД проширена је додатним случајевима АА и контролама и генотиповима који су импутирани на референтни панел од 1000 генома веће густине. Анализа открића укључила је 3432 случаја Т2Д-ЕСКД и 6977 недијабетичких контрола нефропатије (N = 10,409), након чега је уследила анализа дискриминације у 2756 Т2Д контрола без нефропатије да би се искључиле варијанте повезане са Т2Д.
Резултати:Шест независних варијанти које се налазе у или близуРНД3/РБМ43, СЛИТРК3, ЕНПП7, ГНГ7, иАПОЛ1постигнута значајна повезаност у целом геному (P <5×>−8) са Т2Д-ЕСКД. Након анализа проширења 1910недијабетичарЕСКД случајева и 908 контрола недијабетичке нефропатије, мета-анализа 5342 АА случајева ЕСКД свих узрока и 6977 АА недијабетичких не-нефропатија контрола открила је додатни нови локус ЕСКД свих узрока наЕФНБ2(рс77113398;P = 9.84 × 10–9; ИЛИ=1.94). Искључење одАПОЛ1Носиоци генотипа са ризиком од бубрега идентификовали су два додатна значајна локуса у целини генома повезана са Т2Д-ЕСКД наГРАМД3иМГАТ4Ц. Друга варијанта наГНГ7(рс373971520;P = 2.17 × 10–8, ИЛИ=1.46) остала повезана са ЕСКД свих узрока уАПОЛ1-негативна анализа.
Закључци:Налази пружају додатне доказе за генетске факторе повезане са узнапредовалом болешћу бубрега код АА са Т2Д.
Кључне речи:Афроамериканци, студија асоцијације на геному, дијабетес типа 2, дијабетесна болест бубрега,Завршна болест бубрега
За више информација контактирајте:emily.li@wecistanche.com
Увод
Све већи број доказа сугерише да генетски фактори играју главну улогу у подложности завршној фазибубрегаболест(ЕСКД). Ово је посебно релевантно за Афроамериканце (АА) где су стопе инциденције ЕСКД више него три пута веће од Европљана (ЕА) [1]. Стопе морталитета за пацијенте са ЕСКД, дијализом и трансплантацијом су 136, 166 и 30 на 1000 пацијент-година, респективно, и чине 7,2 процента трошкова потраживања које плаћа Медицаре [1]. Дијабетес, од којих 95 процената пацијената има дијабетес типа 2 (Т2Д), остаје водећи пријављени узрок ЕСКД у САД и чини > 44 процента случајева [1]. Побољшања у контроли гликемије, липида и крвног притиска нису значајно смањила преваленцију дијабетичарабубрегаболест(ДКД) [1, 2]. Поред тога, породична агрегација ДКД је независна од социоекономског статуса и утврђених фактора ризика животне средине [3, 4]. Иако алели Г1 и Г2 у аполипопротеин Л1 гену (АПОЛ1) доприносе 50-70 процената недијабетичког ЕСКД у АА, они не објашњавају у потпуности ризик од ЕСКД приписане Т2Д (Т2Д-ЕСКД) у овој популацији [ 5–7].
Студије асоцијација на нивоу генома (ГВАС) идентификовале су > 70 значајних варијанти за цео геном повезаних са хроничнимбубрегаболест(ЦКД), албуминурија или бубрежна функција у популацијама европских предака [8–11]. Међутим, неколико локуса је било повезано са ДКД у различитим популацијама и они се не реплицирају доследно, делом због ограничене величине узорка [12–18]. Етиологија бубрежних компликација код пацијената са Т2Д је вероватно хетерогена него код пацијената са дијабетесом типа 1 [16]. Због тога је потребна пажљива фенотипизација и веће величине узорка да би се побољшала статистичка моћ. Да бисмо истражили генетску архитектуру узнапредовале болести бубрега код Т2Д, проширили смо наше претходне ГВАС (2890 пацијената са ЕСКД и 1719 контрола без дијабетеса без нефропатије) на већи узорак АА са тешкимбубрегаболест. Анализе асоцијација су обављене у шест независних АА кохорти (Ваке Форест Сцхоол оф Медицине, ВФСМ; Породично испитивање нефропатије и дијабетеса, ФИНД; Студија ризика од атеросклерозе у заједницама, АРИЦ; Мулти-етничка студија атеросклерозе, МЕСА; Јацксон Хеарт Студи, ЈХС; и развој ризика коронарне артерије код младих одраслих, ЦАРДИА) за Т2Д-ЕСКД или недијабетичку ЕСКД кроз дизајн студије у више фаза (слика 1). Ово је обухватило 15.075 АА класификованих у четири фенотипске групе: случајеви Т2Д-ЕСКД (Н=3432), контроле нефропатије без дијабетеса (Н=6977), контроле нефропатије без Т2Д (Н {{16} }), и случајеви ЕСКД без дијабетеса (Н=1910).
У фази открића, ГВАС је урађен у 3432 случаја Т2Д-ЕСКД и 6977 контрола без дијабетеса без нефропатије, након чега је уследила анализа дискриминације да би се искључили локуси повезани са Т2Д у 2756 контрола Т2Д без нефропатије. Екстензивне анализе су обављене у 1910 АА са недијабетичким ЕСКД и 908 контролама без нефропатије да би се проценио допринос локуса повезаних са Т2Д-ЕСКД недијабетичарима.бубрегаболест. Мета-анализа дијабетичких и недијабетичких случајева ЕСКД проценила је генетске асоцијације у ЕСКД свих узрока. АПОЛ1-повезани облици недијабетичарабубрегаболести Т2Д често коегзистирају код пацијената. Као такви, многи дијабетичари сабубрегаболестможе бити погрешно класификовано као да има ДКД, будући да је дијагностичкибубрегабиопсије се обично не раде. Овде је извршена друга ГВАС анализа која је искључивала појединце са генотиповима АПОЛ1 ризика за бубреге како би се минимизирала погрешна класификација Т2Д-ЕСКД.
Резултати
Преглед студија
Ова студија има > 80 процената снаге да открије уобичајене варијанте (МАФ већи или једнак 0,10) са умереним ефектом (ИЛИ већи од или једнак 1,3) на нивоу значајности од 5 × 10−8 (хттп: //цсг.спх.умицх.еду/абецасис/ цатс/). Укупно, седам значајних локуса за читав геном (П<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Клиничке карактеристике учесника студије
Табеле 1 и 2 садрже детаљне карактеристике учесника студије. ЕСКД случајеви су регрутовани из ВФСМ (Аффи6.0, Акиом и МЕГА), ФИНД и АРИЦ студија. Појединци са Т2Д-ЕСКД или нефропатијом без Т2Д били су старији (или сличних година) у поређењу са контролама без дијабетеса нефропатије при регрутовању. Међутим, просечна старост при постављању дијагнозе Т2Д у случајевима Т2Д-ЕСКД и контрола нефропатије без Т2Д била је млађа од контрола недијабетичке нефропатије при регрутовању. Све контролне групе без нефропатије Т2Д и контроле без дијабетеса и нефропатије имале су нормалан еГФР већи или једнак 60 мл/мин/1,73 м2. Поред тога, контролне групе недијабетичке нефропатије су имале нивое глукозе наташте < 126="" мг/дл.="" контроле="" са="" нефропатијом="" без="" т2д="" биле="" су="" гојазне="" од="" т2д-ескд="" или="" недијабетичких="" ескд="" случајева,="" а="" контролне="" групе="" без="" дијабетеса="" и="" нефропатије,="" осим="" што="" су="" случајеви="" т2д-ескд="" у="" ариц-у,="" били="" гојазнији="" од="" других="">
Фаза 1 и фаза 2 Т2Д-ЕСКД анализа асоцијације
У фази 1 открића, ГВАС је спроведен одвојено у три скупа података: (1) 1513 случајева Т2Д-ЕСКД и 5299 контрола недијабетичке нефропатије генотипованих на Аффи6.0, доприносе ВФСМ, ФИНД, АРИЦ, ЈХС, МЕСА и КАРДИЈА (фаза 1а); (2) 1700 случајева Т2Д-ЕСКД и 770 контрола недијабетичке нефропатије из ВФСМ генотипизираних помоћу низа генотипизације Акиом Биобанк (фаза 1б); и (3) 219 случајева Т2Д-ЕСКД и 908 контрола без дијабетеса и нефропатије из ВФСМ генотипованих на МЕГА (фаза 1ц). Урађена је мета-анализа (фаза 2) да би се комбиновали резултати асоцијације за 3432 случаја Т2Д-ЕСКД и 6977 контрола без дијабетеса и нефропатије из фаза 1а, 1б и 1ц. Фактор инфлације λ од 1,013 је примећен након корекције за геномску контролу (Додатна датотека 1: Слика С1), што сугерише да су структура популације и криптичка сродност били довољно прилагођени. Међу варијантама које показују сугестивне асоцијације (П <1 ×="" 10−5),="" 59="" варијанти="" са="" и2="" већим="" или="" једнаким="" 80="" процената="" искључено="" је="" због="" велике="" хетерогености="" у="" величинама="" ефеката="" у="" студијама.="" укупно="" 478="" преосталих="" варијанти="" је="" процењено="" у="" анализи="" дискриминације="" (81="" од="" њих="" је="" постигла="" значај="" за="" цео="" геном;="" додатни="" фајл="" 1:="" табела="">
Фаза 3 анализе дискриминације
Да би се утврдило да ли су асоцијације Т2Д-ЕСКД идентификоване у мета-анализи 1. фазе вођене асоцијацијом са Т2Д пер се, извршена је дискриминацијска анализа за Т2Д контрастирајући 2756 АА са нефропатијом без Т2Д са 6977 недијабетичких контрола без нефропатије. из фазе 1 (Аффи6.0, Акиом, МЕГА; Додатна датотека 1: Табела С3). Накнадно смо искључили 174 од 478 варијанти повезаних са Т2Д-ЕСК Д номинално повезаним са Т2Д у одсуству нефропатије. Међу преосталим Т2Д-ЕСКД асоцијацијама, врхунске варијанте које представљају 6 независних асоцијација постигле су значај за цео геном (Табела 3, Слика 2а). Најјача повезаност је примећена за рс9622363 који се налази на АПОЛ1 (П=1.42 × 10−10, ОР=0.77, ЕАФ=0.45). Ова варијанта је била у умереном дисеквилибријуму веза (р2=0.33 и 0.34, респективно у ИРИ) са алелима АПОЛ1 Г1 (рс60910145, рс73885319) повезаним са недијабетичким ЕСКД [6]. Друга најјача асоцијација била је на рс58627064, интергенској варијанти која се налази у близини СЛИТРК3, (П=6.81 × 10−10, ОР=1.62, ЕАФ=0.06). Два независна сигнала, рс142563193 (П=1.24 × 10−8 , ОР=0.74, ЕАФ=0.23) и рс142671759 (П=5.53 × 10 −9 , ОР=2.26, ЕАФ=0.02) на хромозому 17 који се налази у близини ЕНПП7, респективно, такође су били значајни за цео геном. Поред тога, две асоцијације са Т2Д-ЕСКД, рс4807299 (П=3.21 × 10−8 , ОР=1.67, ЕАФ=0.05) које се налазе у ГНГ7 и рс72858591 (П Идентификовани су=4.54 × 10−8 , ОР=1.43, ЕАФ=0.10) који се налазе у РНД3/РБМ43 (слика 1а).
Фаза 4 недијабетичка ЕСКД анализа и фаза 5 мета-анализа ЕСКД свих узрока
Након фазе дискриминације, 304 варијанте које показују сугестивну повезаност са Т2Д-ЕСКД (П < 1="" ×="" 10−5="" )="" су="" тестиране="" у="" 1910="" независних="" недијабетичких="" ескд="" случајева="" и="" 908="" контрола="" из="" стадијума="" 1ц.="" циљ="" фазе="" 4="" анализе="" био="" је="" да="" се="" процени="" допринос="" локуса="" повезаних="" са="" т2д-ескд="">бубрегаболест. Након искључивања варијанти са хетерогеношћу И2 већом од или једнаком 80 процената, 25 варијанти је номинално повезано са недијабетичким ЕСКД (П < 0,05).="" снажне="" асоцијације="" (1,27="" ×="" 10−29="">< п="">< 8.86="" ×="" 10−15)="" примећене="" су="" у="" апол1-мих9="" региону,="" потврђујући="" њихову="" улогу="" у="">бубрега болест. Мета-анализа ЕСКД за све узроке, укључујући 5342 ЕСКД свих узрока и 6977 контрола без дијабетеса без нефропатије, спроведена је да би се проценила генерализација 25 варијанти повезаних са Т2Д-ЕСКД са ширим облицима ЕСКД (фаза 5). Утврђено је да је тридесет пет значајних варијанти у целом геному на два локуса повезано са ЕСКД свих узрока, укључујући 15 варијанти унутар или близу ЕФНБ2 и 20 варијанти на АПОЛ1 (слика 1б). Највиша асоцијација у АПОЛ1 била је рс9622363 (П=1.96 × 10−25, ОР=0.68, ЕАФ=0.43), а највиши сигнал близу ЕФНБ2 је био рс77113398 (П=9.84 × 10−9 , ОР=1.94, ЕАФ=0.023) (табела 4, слика 2б). Четири додатна независна локуса показала су сугестивну повезаност (П <5 ×="" 10-6)="" са="" ескд="" свих="" узрока="" на="" лпп,="" фстл5,="" опрк1/атпв1х="" и="" сибу/кцнв1="" (табела="" 4,="" слика="">
Анализа асоцијације искључујући АПОЛ1 носиоце генотипа са ризиком од бубрега
Урађена је секундарна анализа искључујући носиоце генотипа за бубрежни ризик од АПОЛ1 у случајевима Т2Д-ЕСКД и недијабетичке контроле нефропатије (АПОЛ1-негативни модел) да би се обогатила ЕСКД повезана са Т2Д. Основни модел је показао снажну повезаност АПОЛ1 и МИХ9 са Т2Д-ЕСКД (табела 3, слика 1а) што сугерише да су неки случајеви можда погрешно класификовани и да је вероватније да су имали недијабетички ЕСКД. Укупно 664 случаја Т2Д-ЕСКД и 918 контрола без дијабетеса без нефропатије је искључено из анализе фазе 1, остављајући 2768 случајева Т2Д-ЕСКД и 6059 контрола у АПОЛ{28}}негативном моделу. Номиналне асоцијације са Т2Д-ЕСКД (П < 1="" ×="" 10−5="" )="" су="" примећене="" са="" 522="" варијанте="" (66="" од="" њих="" је="" постигло="" значај="" у="" целом="" геному;="" додатни="" фајл="" 1:="" табела="" с2),="" и="" оне="" су="" одабране="" за="" анализу="" дискриминације="" 3.="" фазе.="" две="" стотине="" двадесет="" и="" три="" варијанте="" које="" су="" имале="" доказ="" о="" повезаности="" са="" т2д="" пер="" се="" (додатни="" фајл="" 1:="" табела="" с4)="" и="" 24="" варијанте="" које="" показују="" јаку="" хетерогеност="" (и2="" већи="" или="" једнак="" 80)="" у="" мета-анализи="" су="" уклоњене.="" међу="" значајним="" варијантама="" за="" читав="" геном="" идентификованим="" у="" основном="" моделу,="" рс142671759="" у="" енпп7="" (п="4.10" ×="" 10−8="" ,="" ор="2.30," еаф="0.024)" показао="" је="" доследна="" повезаност="" са="" т2д-ескд="" у="" апол1-негативном="" моделу.="" две="" додатне="" варијанте="" достигле="" су="" значај="" на="" нивоу="" генома,="" рс75029938="" у="" грамд3="" (п="2.02" ×="" 10–9,="" ор="1.89," еаф="0.042)" и="" рс17577888="" у="" мгат4ц="" региону="" (п="3.87" ×="" 10−8="" ,="" ор="0.67," еаф="0.087)" (табела="" 5,="" слика="">
Даље смо тестирали 275 сугестивних Т2Д-ЕСКД асоцијација које су прошле дискриминацију и имале И2 < 80="" у="" 1019="" додатних="" аа="" недијабетичких="" ескд="" случајева="" који="" су="" искључивали="" носиоце="" генотипа="" апол1="" са="" ризиком="" од="" бубрега.="" петнаест="" варијанти="" је="" показало="" номиналне="" доказе="" о="" повезаности="" са="" недијабетичким="" ескд.="" они="" су="" накнадно="" тестирани="" у="" мета-анализи="" ескд="" за="" све="" узроке,="" укључујући="" 3787="" случајева="" ескд="" свих="" узрока="" и="" 6059="" контрола="" без="" дијабетичке="" нефропатије="" од="" којих="" су="" искључени="" носиоци="" генотипа="" апол1="" са="" ризиком="" од="" бубрега.="" 2-брисање="" базног="" пара="" у="" гнг7,="" рс373971520="" (п="2.17" ×="" 10−8="" ,="" ор="1.46," еаф="0.11)," постигнуто="" у="" целом="" геному="" значајна="" повезаност="" са="" ескд="" свих="" узрока="" (слика="" 3б).="" седам="" додатних="" локуса="" је="" показало="" номиналну="" повезаност="" са="" ескд="" свих="" узрока="" (п="">< 5="" ×="" 10−6),="" укључујући="" лпп,="" алк/ипел5,="" мнкс1-ас1/убе3ц,="" нуп98,="" линц01075/линц00448,="" тмцо5а="" и="" сулф2/2="" (табела="" 6).="" највеће="" асоцијације="" из="" основног="" модела="" имале="" су="" умерену="" безначајност="" слабљења,="" упркос="" сличним="" величинама="" ефеката,="" делом="" због="" смањене="" величине="" узорка="" (додатна="" датотека="" 1:="" табела="" с5).="" поред="" тога,="" изведен="" је="" трећи="" гвас="" са="" апол1="" укљученим="" као="" коваријанта="" у="" моделу="" (апо="" л1-прилагођени="" модел)="" и="" поређењем="" −лог="" (п)="" вредности="" са="" основним="" и="" апол1-="" негативним="" моделима.="" уочена="" је="" висока="" корелација="" (коефицијент="" корелације="" особе="" р="0.95)" између="" апол1-прилагођених="" и="" апол1--="" негативних="" модела.="" резултати="" сва="" три="" поређења="" су="" укључени="" у="" допунску="" документацију="" (додатни="" фајл="" 1:="" слика="">
Дискусија
Извештавамо о резултатима ГВАС високе густине који истражује генетску осетљивост на Т2Д-ЕСКД код 15.075 АА. Врхунске варијанте повезане са Т2Д-ЕСКД су накнадно процењене на повезаност са недијабетичким ЕСКД, а извршена је мета-анализа да би се тестирала њихова генерализација на уобичајене облике ЕСКД. Осам независних асоцијација у седам генетских локуса показало је значајну повезаност генома са Т2Д-ЕСКД у основним или АПОЛ1- негативним моделима, укључујући РНД 3/РБМ43, СЛИТРК3, ЕНПП7, ГНГ7, АПОЛ1, ГРАМД3 и МГАТ4Ц. Поред АПОЛ1, два значајна локуса за читав геном су повезана са ЕСКД свих узрока, ЕФНБ2 и ГНГ7. Даље, 10 генетских локуса показало је номиналну повезаност са ЕСКД свих узрока (П < 5="" ×="" 10-6),="" укључујући="" лпп,="" фстл5,="" опрк1/атп6в1х,="" сибу/кцнв1,="" алк/ипел5,="" мнкс1-ас1/убе3ц,="" нуп="" 98,="" линц01075/линц00448,="" тмцо5а="" и="" сулф2/лин="">
Најзначајнија повезаност између Т2Д-ЕСКД (ОР=0.77, П=1.42 × 10−10) и ЕСКД свих узрока (ОР=0.69, П {{11 }}.96 × 10−25) у основном моделу била је интроничка варијанта рс9622363 у АПОЛ1 региону повезаном са недијабетичаримабубрега болесткод особа афричког порекла. Условљавање алела АПОЛ1 Г1 и Г2 драматично умањује његов значај [6]. Извештава се да рс9622363 мења мотиве везивања фактора транскрипције (ТФ) (Додатна датотека 1: Табела С6). У недавној студији, алели рс9622363 и АПОЛ1 Г1 формирали су хаплотип који је постигао најјачу повезаност са ЦКД код Нигеријаца [19]. За разлику од Г1 или Г2, главни алел у рс9622363 (Г, ЕАФ=0.57) је повезан са ризиком од ЦКД. Након искључивања носилаца генотипа АПОЛ1 са ризиком од бубрега, повезаност са рс9622363 је ослабљена. Ово је потврдило да алели рс9622363 и АПОЛ1 Г1 и Г2 доприносе истом сигналу. Идентификација рс9622363 у основном моделу може сугерисати погрешну класификацију неких случајева као Т2Д-ЕСКД.
Интергенска варијанта (рс72858591) лоцирана између гена протеина ГТПазе РНД3 и РБМ43, који кодира протеин мотива 43 везивања РНК, открила је значајну повезаност са Т2Д-ЕСКД у целом геному. Повезан је са променама мотива везивања ТФ и преклапа се са регионима промотера и појачивача (Додатна датотека 1: Табела С6). Независна интергенска варијанта (рс7560163, р2=0.01, ИРИ) у овом региону је раније била повезана са Т2Д у АА [20]. Насупрот томе, рс72858591 није био повезан са Т2Д (П=0.073) у овој студији. Ово може сугерисати да два различита скупа варијација у овом локусу независно доприносе Т2Д и Т2Д-ЕСКД, могућем плеиотропном ефекту. Две независне варијанте (рс142563193 и рс142671759) које су биле значајно повезане са Т2Д-ЕСКД у целом геному налазе се у близини ЕНПП7. Ове варијанте се преклапају са регионима појачивача и промотера, преосетљивим врховима на Дназу и/или мотивима везивања ТФ (Додатна датотека 1: Табела С6). Протеин који кодира ЕНПП7 је интестинална алкална сфингомијелин фосфодиестераза која претвара сфингомијелин у церамид и фосфохолин. ЕНПП7 наводно утиче на апсорпцију холестерола [21], а бројне студије сугеришу да су нивои холестерола липопротеина високе густине фактори ризика за ЦКД код пацијената са дијабетесом [22–24].
Две варијанте које се налазе у ГНГ7 биле су повезане или са Т2Д-ЕСКД (рс4807299; П=3.21 × 10−8 , основни модел) или са ЕСКД свих узрока (рс373971520; П=2.17 × 10− 8; АПОЛ1-негативни модел). Рс4807299 је повезан са променама мотива везивања ТФ и преклапа се са регионима промотера и појачивача (Додатна датотека 1: Табела С6). ГНГ7 кодира Г протеинску подјединицу Гама 7, укључену у функцију централног нервног система [25] и ризик од рака [26, 27].
Пошто Афроамериканци са дијабетесом и протеинуријом често не добијају дијагностичку биопсију бубрега, обично се претпоставља да је њихов ЕСКД узрокован ДКД. Међутим, АПОЛ{0}}повезан недијабетичарбубрегаболестможе бити прави узрок болести бубрега код многих таквих пацијената. Анализе које искључују носиоце генотипа за бубрежни ризик од АПОЛ1 створиле су хомогенију групу случајева и пружиле прилику да се открије генетска архитектура Т2Д-ЕСКД која је независна од АПОЛ1 ефекта. У АПОЛ1-негативном моделу, поред реплицирања ЕНПП7 идентификованог у основном моделу, два нова локуса
постигао значајну повезаност у целом геному са Т2Д ЕСКД: ГРАМД3 (рс75029938; П=2.02 × 10−9) и МГА Т4Ц (рс17577888; П=3.87 × 10−8). Функционална напомена сугерише да су обе варијанте ко-лоциране са мотивима везивања ТФ. Рс75029938 може пасти у регионе појачивача и промотера, а рс17577888 је био повезан са обиљем транскрипта гена ФЛВЦР1 у моноцитима периферне крви (П=6.41 × 10−6; Додатни фајл 1: Табела С6). Генетске варијације у ГРАМД3 су повезане са адипозношћу у мултиетничкој мета-анализи генома [28]. Претходне студије сугеришу да је гојазност главни фактор ризика за ДКД [29]. МГАТ4Ц кодира манозил (Алфа-1,3-)-гликопротеин бета-1,4-Н-ацетилглукозаминилтрансферазу, изозим Ц, који учествује у преносу Н-ацетилглукозамина (ГлцНАц) до језгра манозних остатака Н-везаних гликана. Потенцијално учешће МГАТ4Ц у ДКД захтева даље проучавање.
Ова анализа је укључила кохорту АА са недијабетичком ЕСКД да би се проценила генерализација локуса повезаних са Т2Д-ЕСКД у уобичајеним облицима ЦКД. Метаанализа која комбинује случајеве са Т2Д-ЕСКД и недијабетичком ЕСКД идентификовала је два нова значајна локуса у целом геному повезана са ЕСКД свих узрока поред АПОЛ1; рс77113398 близу ЕФНБ2 (П=9.84 × 10−9; основни модел) и рс373971520 у ГНГ7 (2,17 × 10−8; АПОЛ1-негативни модел). Рс77113398 се преклапа са појачивачима, регионима промотера и врховима Дназе (Додатна датотека 1: Табела С6). Претходна скенирања генома код АА су идентификовала значајне доказе о повезаности са ЕСКД на хромозому 13к33, укључујући регион ЕФНБ2 у дијабетичком ЕСКД и недијабетичком ЕСКД [30, 31]. Наставна студија је испитала 28 варијанти означавања које обухватају 39 килобаза (кб) региона кодирања ЕФНБ2 показала је номиналну повезаност између две варијанте и ЕСКД свих узрока [32]. Међутим, ове пријављене варијанте нису биле у корелацији са рс77113398. Ефрин-Б2 (ЕФНБ2) се експримира у нефрону у развоју; интеракције између ефрина-Б2 и његових рецептора играју важну улогу у гломеруларном микроваскуларном склапању [33]. Поред тога, ефрин-Б2 реверзна сигнализација штити од перитубуларне капиларне рефакције регулацијом ангиогенезе и васкуларне стабилности токомбубрегаповреда[34]. Ефрин-Б1 се такође ко-локализује са протеином повезаним са ЦД2- (ЦД2АП) и нефрином на дијафрагми прореза подоцита и игра важну улогу у одржавању функције баријере на дијафрагми прореза [35]. Код трансгених мишева киназе рецептора ефрин Б4 развија се гломерулопатија, која се манифестује спајањем аферентних и еферентних артериола које заобилазе гломеруле [36]. Дакле, вишеструки докази подржавају потенцијалну повезаност ЕФНБ2 са ЦКД, и то је најперспективнија узрочна повезаност гена рс77113398.
Ова студија има предности и ограничења. Иако је вишестепени дизајн студије био добро покретан укључујући 15.075 АА, недостајала је репликација Т2Д-ЕСКД асоцијација, посебно за ретке варијанте. Штавише, неколико значајних сигнала за читав геном показало је значајно различите величине ефекта у различитим фазама, што се вероватно може приписати разликама у величини узорка у различитим фазама, и последица „клетве победника“, феномена који описује да је права величина генетског ефекта прецењена због почетни позитиван налаз. Потребна је будућа репликација да би се потврдили ови налази. Постоји неколико других постојећих колекција са одговарајућим узорцима у АА; ове ограничене напоре репликације. Штавише, тешко је искључити све особе које су погрешно класификоване са ДКД због честог недостатка биопсија бубрега. Стога смо пажљиво искључили узорке са ЕСКД који се приписују недијабетичкој етиологији на основу клиничких фенотипова и накнадно искључили носиоце генотипа АПОЛ1 са ризиком од бубрега са високим ризиком за недијабетичку ЕСКД. Ово би требало да минимизира погрешну класификацију.
Закључак
У закључку, ГВАС је спроведен у АА са Т2Д-ЕСКД и седам генетских локуса је показало значајне доказе о повезаности у целом геному, укључујући РНД3/РБМ43, СЛИТРК3, ЕНПП7, ГНГ7, АПОЛ1, ГРАМД3 и МГАТ4Ц. Поред АПОЛ1, ЕФНБ2 и ГНГ7 су такође били повезани са недијабетичким ЕСКД и открили су значајну повезаност у целом геному са ЕСКД свих узрока. Потребна су будућа истраживања, укључујући генетску репликацију и експерименталну валидацију ових новоидентификованих асоцијација како би се проценили њихови потенцијални утицаји на биолошке процесе који доводе до напредног ДКД-а у популацијама недавног афричког порекла.
Методе
Учесници студије
Учеснике студије ангажовао је Медицинска школа Ваке Форест (ВФСМ; Н=8052), Породично истраживање нефропатије и дијабетеса (ФИНД; Н=926), студија Јацк сон Хеарт (ЈХС; Н {{2 }}), Студија ризика од атеросклерозе у заједницама (АРИЦ; Н=2221), Развој ризика коронарних артерија код младих одраслих (ЦАРДИА; Н=912) и Мултиетничка студија атеросклерозе (МЕСА; Н { {6}}). Анализе су одобрили локални институционални одбори за преглед, а сви учесници су дали писмени информисани пристанак. Сматрало се да случајеви имају Т2Д-ЕСКД, укључујући тешку ДКД, када је дијабетес дијагностикован више од или једнако 5 година пре почетка ЕСКД или са дијабетичком ретинопатијом да би се обезбедило адекватно трајање Т2Д, уз терапију замене бубрега, процењену брзину гломеруларне филтрације ( еГФР) Мањи или једнак 30 мл/мин/1,73 м2 (ЦКД4), или однос албумина у урину према креатинину (УАЦР) Већи или једнак 300 мг/г (макроалбуминурија). Учесници са ЦКД4 или макроалбуминуријом (Н=138) су укључени као случајеви с обзиром на њихов висок ризик од развоја ЕСКД. Т2Д је дијагностикован према критеријумима Америчког удружења за дијабетес са глукозом у крви наташте већом или једнаком од 126 мг/дл, 2-х оралним тестом толеранције на глукозу глукозом већом или једнаком 200 мг/дл, насумичном глукозом већом од или једнака 200 мг/дл, употреба лекова за дијабетес или дијабетеса који дијагностикује лекар. Случајеви са недијабетичним ЕСКД нису имали дијабетес (или су имали Т2Д < 5="" година)="" на="" почетку="" терапије="" замене="" бубрега,="" а="" ескд="" је="" приписан="" хроничној="" гломеруларној="" болести="" (нпр.="" фокална="" сегментна="" гломерулосклероза),="" нефропатији="" повезаној="" са="" хив-ом,="" хипертензији="" или="" непознатом="" узрок.="" пацијенти="" са="" ескд="" који="" се="" приписују="" хируршким="" или="" уролошким="" узроцима,="">обољење бубрега, аутоимуна болест, хепатитис, ИгА нефропатија, мембрански гломерулонефритис, мембранопролиферативни гломерулонефритис или моногенибубрегаболестибили искључени. Контроле недијабетичке нефропатије укључивале су учеснике без дијабетеса илибубрега болест(еГФР већи или једнак 60 мл/мин/ 1,73 м2 и УАЦР < 30="" мг/г).="" субјекти="" са="" нефропатијом="" без="" т2д="" имали="" су="" егфр="" већи="" или="" једнак="" 60="" мл/мин/1,73="" м2="" и="" уацр="">< 30="">
Припрема узорака, генотипизација, импутација и контрола квалитета
Учесници студије су генотипизовани у целом геному коришћењем три различите платформе: (1) 8704 узорка регрутована из ВФСМ, АРИЦ, ЦАРДИА, ЈХС, МЕСА и ФИНД су генотипизована на Аффиметрик полиморфизму једног нуклеотида на целом геному човека (СНП) низ 6.0 (Аффи6.0); (2) 3133 узорка регрутована из ВФСМ су генотипизована на Аффиметрик Акиом Биобанк Генотипинг Арраи (Акиом); и (3) 3238 узорака регрутованих из ВФСМ је генотипизовано на Иллумина мулти-етничком генотипском низу (МЕГА). Контрола квалитета и импутација су извршени одвојено од стране сваке платформе за генотипизацију као што је описано у наставку.
Варијанте које су прошле контролу квалитета (КЦ) су импутиране комбинованом референтном панелу хаплотипа укључујући космополитски референтни панел 1000 генома фазе 3 (верзија из октобра 2014.) [37] и верзију референтног панела Афричког пројекта варијације генома (АГВП) укључујући 640 Хаплотипови афричког порекла које је љубазно обезбедило Афричко партнерство заИстраживање хроничних болестии Веллцоме Труст Сангер Институте [38]. Пре-фазирање је изведено помоћу СХАПЕИТ2 [39], а импутација је изведена помоћу ИМПУТЕ2 [40]. Контрола квалитета након импутације је спроведена да би се искључиле варијанте са неподударањем алела или са великим одступањем у учесталости (већим или једнаким 0.2) са референтним панелом (0.2 × учесталост у ЕУР плус {{ 13}}.8 × учесталост у АФР) и резултат информација о импутацији < 0,4.="" подскуп="" узорака="" је="" директно="" генотипизован="" за="" апол1="" г1="" и="" г2="" варијанте="" коришћењем="" секуенома="" (секуеном,="" сан="" диего,="" ца).="" подударност="" је="" била="" 95="" процената="" са="" импутираним="">
Аффи6.0 скупови података
Као што је претходно описано [41], 1513 случајева Т2Д-ЕСКД, 5299 недијабетичких нефропатија и 1892 Т2Д контроле ненефропатије из кохорти ВФСМ, ФИНД, ЈХС, АРИЦ, ЦАРДИА и МЕСА су генотипизоване помоћу Аффи6.{{ 11}} (Табела 1). У свакој студији, стандардне мере контроле квалитета су примењене да би се искључиле варијанте са стопом позива < 95="" процената,="" учесталошћу="" мањег="" алела="" (маф)="">< 0.01="" или="" показујући="" одступање="" од="" харди-веинберг="" еквилибријума="" (хве)="" (п="">< 0,0001).="" кц="" узорка="" је="" обављен="" да="" би="" се="" искључили="" субјекти="" са="" стопом="" позива="">< 95="" процената,="" контаминацијом="" днк,="" дупликатима="" или="" популацијским="" одступницима.="" с="" обзиром="" да="" цардиа,="" јхс="" и="" меса="" нису="" имали="" случајеве="" са="" т2д-ескд,="" узорци="" из="" ових="" студија="" су="" комбиновани="" за="" импутацију="" и="" анализу="" асоцијација="" заједно="" са="" вфсм,="" финд="" и="">
Скуп података аксиома
На ВФСМ, 1700 АА случајева са Т2Д-ЕСКД, 770 АА контрола без дијабетеса или нефропатије и 663 АА контроле са Т2Д којима је недостајала нефропатија је генотипизовано на прилагођеном низу генотипизације Акиом (Табела 2). Детаљне информације о варијанти, прилагођени дизајн садржаја, укључујући фино мапирање региона кандидата, методе генотипизације и КЦ су раније пријављени [42]. Укратко, овај низ је укључивао приближно 264.000 варијанти кодирања и уметања/брисања (инделс), 70.000 варијанти губитка функције, 2.000 фармакогеномских варијанти, 23.000 еКТЛ маркера, 246.000 мултиетничких популација заснованих на геномским маркерима од 5.000 прилагођених ознака и 11 маркери садржаја. Варијанте са стопом позива < 95="" процената,="" одступањем="" од="" хве="" (п="">< 0,0001)="" и="" мономорфне="" варијанте="" су="" искључене.="" укупно="" 724.530="" варијанти="" је="" успешно="" позвано="" на="" низводни="" кц,="" импутацију="" и="" анализе.="" узорак="" кц="" је="" изведен="" да="" би="" се="" искључили="" појединци="" са="" ниским="" стопама="" позива="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
МЕГА сет података
На ВФСМ, 1910 недијабетички ЕСКД случај, 219 Т2Д ЕСКД случај, 201 контрола са Т2Д без нефропатије и 908 недијабетичких не-нефропатија контрола су генотипизоване на МЕГА низу (табела 2). Овај низ је дизајниран да побољша фино мапирање и функционално откриће повећањем покривености варијанти међу више етничких група. Низ укључује (1) основни садржај који садржи високо информативне варијанте за ГВАС и анализе егзома у популацијама различитих предака и (2) прилагођени садржај који се користи за реплицирање или генерализацију индексних ГВАС асоцијација, повећање варијанти ГВАС означавања у приоритетним регионима, побољшање садржаја егзома у приоритетним регионима , фино мапирати ГВАС локусе, идентификовати функционалне регулаторне варијанте, истражити медицински важне варијанте и идентификовати нове варијанте локуса у путевима кандидата [43]. Генотипизација је обављена на ВФСМ. ДНК из случајева и контрола је подједнако испреплетана на 96-плочама бунара да би се минимизирале артефактичке грешке током обраде узорка. Укупно 48 узорака секвенцираних у оквиру пројекта 1000 генома [44] на Институту за медицинска истраживања Кориел укључено је у генотипизацију и имало је стопу подударности од 98,57 процената. Позивање генотипа је обављено коришћењем Геноме Студио-а (Иллумина, Калифорнија, САД). Варијанте са недостајућом позицијом, недостајућим алелом, неподударањем алела, стопом позива < 95="" процената,="" одступањем="" од="" хве="" (п="">< 0,0001),="" разликом="" у="" фреквенцији=""> 0,2 у поређењу са референтним панелом 1000 Геноме Пројецт фазе 3, и мономорфне варијанте су уклоњене. Упоређено је више скупова сонди, а задржан је само онај са највећом стопом позива. Укупно 1.705.970 варијанти је успешно позвано на низводни КЦ, импутацију и анализе. Узорак КЦ је изведен да би се искључили појединци са ниском стопом позива (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Статистичка анализа
Фаза открића
Користили смо вишестепени дизајн студије да идентификујемо варијанте повезане са Т2Д-ЕСКД и њихову потенцијалну улогу у ЕСКД свих узрока. У фази откривања, укључено је 3432 случаја Т2Д-ЕСКД и 6977 недијабетичких контрола нефропатије из сва три скупа података (Слика 1). Анализа асоцијације је извршена за сваки скуп података коришћењем логистичког мешовитог модела примењеног у програму ГММАТ [45] под адитивним генетским моделом. Овај метод контролише структуру популације и криптичну сродност тако што укључује матрицу генетских односа (ГРМ) процењену на основу скупа висококвалитетних аутозомних варијанти као случајног ефекта. Анализа главних компоненти је извршена коришћењем ЕИГЕНСОФТ-а [46] за сваку платформу за генотипизацију. Први сопствени вектор (ПЦ1) заједно са годинама и полом коришћен је као коваријате. Мета-анализа је извршена у три скупа података коришћењем методе пондерисања инверзне варијансе са фиксним ефектом имплементиране у МЕТАЛ [47]. За анализу дискриминације одабране су сугестивне асоцијације за Т2Д-ЕСКД са П < 1="" ×="" 10−5,="" мањим="" бројем="" алела="" (мац)=""> 400 и хетерогеношћу И2 <>
Фаза дискриминације
Да би се утврдило да ли су претпостављени локуси повезани са Т2Д-ЕСКД у фази открића вођени асоцијацијама са Т2Д пер се, мета-анализа комбинује 2756 АА са нефропатијом без Т2Д и 6977 контрола недијабетичке нефропатије из три скупа података (Аффи6 .0, Аксиом и МЕГА) (фаза 3, сл. 1). Варијанте које показују номиналну повезаност (П < 0.05)="" са="" т2д="" су="" искључене="" да="" би="" се="" уклониле="" варијанте="" повезане="" са="">
Екстензивна анализа ЕСКД без дијабетеса и мета-анализа ЕСКД свих узрока
Генетске варијанте које показују сугестивну повезаност са Т2Д-ЕСКД (П < 1 × 10-5), али нису повезане са Т2Д, испитане су у кохорти ЕСКД без дијабетеса, укључујући 1910 недијабетичких случајева ЕСКД и 908 недијабетичких не-нефропатија контрола из ВФСМ-МЕГА скуп података за повезаност са недијабетичком етиологијомобољење бубрега(фаза 4). Варијанте које показују номиналну повезаност (П < 0.05)="" су="" тестиране="" у="" мета-анализи="" ескд="" свих="" узрока="" коришћењем="" свих="" т2д-ескд,="" недијабетичких="" ескд="" и="" контрола="" из="" три="" скупа="" података="" (="" н="12,319," аффи6.0,="" аксиом,="" мега)="" (слика="" 1).="" ова="" мета-анализа="" је="" проценила="" да="" ли="" су="" асоцијације="" т2д-ескд="" допринеле="" ризику="" од="" ескд="" свих="" узрока.="" такође="" смо="" потражили="" наше="" најпопуларније="" варијанте="" повезане="" са="" бубрежном="" болешћу="" за="" претпостављену="" повезаност="" са="" т2д="" код="" аа="" из="" конзорцијума="" медиа="" (н="15," 043="" случаја="" и="" 22="" 318="" контрола);="" снп-ови="" са="" п=""><0,05 након="" вишеструких="" корекција="" поређења="" су="">
Искључење носилаца генотипа ризика АПОЛ1
Алели АПОЛ1 Г1 и Г2 доприносе ризику занедијабетичка болест бубрега[6, 48]. Да би се минимизирала погрешна класификација Т2Д-ЕСКД, извршена је друга анализа искључујући носиоце АПОЛ1 са две варијанте ризика за бубреге и оне са недостајућим генотиповима АПОЛ1 из случајева Т2Д ЕСКД и контрола недијабетичке нефропатије (АПОЛ1-негативни модел ). Ова анализа је смањила хетерогеност популације упркос смањењу величине узорка и мањој статистичкој моћи. Конкретно, 308 Т2Д-ЕСКД случајева и 630 контрола из Аффи6.0 скупова података, 323 Т2Д-ЕСКД случаја и 113 контрола из Акиом скупа података и 33 Т2Д-ЕСКД случаја и 175 контрола из МЕГА скупа података су уклоњени. Поред тога, уклонили смо 891 од 1910 ЕСКД случајева свих узрока. Ова анализа може разоткрити ефекте других недијабетичких ЕСКД локуса изван АПОЛ1. Појединци су сматрани носиоцима АПОЛ1 бубрежне варијанте ризика ако су носили два Г1 алела (рс60910145 Г алел, рс73885319 Г алел), два Г2 алела (рс143830837, 6 парова база у оквиру делеције) или су били један сложени хетерозиго и један Г1 Г2 алел) [6].
Функционална карактеризација
Прокси значајних варијанти повезаних са Т2Д-ЕСКД у целом геному (р2 веће од или једнако 0.7 у 1000 геномских АФР популација) са основне линије и АПОЛ1-негативних модела одабрани су коришћењем ЛДлинк [49 ]. Водеће варијанте и заступници су затим упитани за функционалне напомене из ХаплоРег-а [50], које су укључивале стање хроматина и белешке о везивању протеина из Роадмап Епигеномицс [51] и ЕНЦОДЕ пројеката [52], очување секвенце код сисара, ефекат варијанти на регулаторне мотиви и експресија гена из КТЛ студија.
Цистанцхе десертицола спречава болест бубрега, кликните овде да бисте добили узорак
Референце
1. Систем података о бубрезима Сједињених Држава. Годишњи извештај УСРДС за 2016: Епидемиологија болести бубрега у Сједињеним Државама. Национални институт за здравље, Национални институт за дијабетес и болести органа за варење и бубреге, Бетхесда, МД, 2016.
2. де Боер ИХ, Руе ТЦ, Халл ИН, ет ал. Временски трендови у преваленцији дијабетесне болести бубрега у Сједињеним Државама. ЈАМА. 2011;305:2532–9.
3. Спреј БЈ, Атасси НГ, Туттле АБ, ет ал. Породични ризик, старост на почетку и узрок завршног стадијума бубрежне болести код белих Американаца. Ј Ам Соц Непхрол. 1995;5: 1806–10.
4. Фреедман БИ, Туттле АБ, Спраи БЈ. Породична предиспозиција за нефропатију код Афроамериканаца са дијабетес мелитусом који није независан од инсулина. Ам Ј Киднеи Дис. 1995;25:710–3.
5. Тзур С, Россет С, Схемер Р, ет ал. Миссенсе мутације у АПОЛ1. Хум Генет. 2010;128:345–50.
6. Геновесе Г, Фриедман ДЈ, Росс МД, ет ал. Повезаност трипанолитичких варијанти АпоЛ1 са болешћу бубрега код Афроамериканаца. Наука. 2010;329:841–5.
7. Копп ЈБ, Нелсон ГВ, Сампатх К, ет ал. Генетске варијанте АПОЛ1 код фокалне сегментне гломерулосклерозе и нефропатије повезане са ХИВ-ом. ЈАСОН. 2011; 22: 2129–37.
8. Коттген А, Паттаро Ц, Богер ЦА, ет ал. Више нових локуса повезаних са функцијом бубрега и хроничном бубрежном болешћу: конзорцијум ЦКДГен. Нат Генет. 2010;42:376–84.
9. Паттаро Ц, Коттген А, Теумер А, ет ал. Повезивање на нивоу генома и функционално праћење откривају нове локусе за функцију бубрега. ПЛоС Генет; 8. Епуб пре штампања марта 2012. хттпс://дои.орг/10.1371/јоурнал.пген. 1002584.
10. Паттаро Ц, Теумер А, Горски М, ет ал. Генетске асоцијације на 53 локуса истичу типове ћелија и биолошке путеве релевантне за функцију бубрега. Нат Цоммун. 2016;7:10023.
11. Тин А, Цолантуони Е, Боервинкле Е, ет ал. Коришћење више мера за квантитативне анализе асоцијација особина: примена на процењену брзину гломеруларне филтрације (еГФР). Ј Хум Генет. 2013;58:461–6.
12. Маеда С. Потрага у целом геному за геном осетљивости на дијабетичку нефропатију помоћу СНП заснованог на гену. Диабетес Рес Цлин Працт. 2004;66:С45–7.
13. Пеззолеси МГ, Позник ГД, Мицхалецкиј ЈЦ, ет ал. Асоцијацијско скенирање на нивоу генома за гене осетљивости на дијабетичку нефропатију код дијабетеса типа 1. дијабетес. 2009;58:1403–10.
14. МцДоноугх ЦВ, Палмер НД, Хицкс ПЈ, ет ал. Студија асоцијације на геному за гене дијабетичке нефропатије код Афроамериканаца. Киднеи Инт. 2011;79:563–72.
15. Сандхолм Н, Салем РМ, МцКнигхт АЈ, ет ал. Нови локуси осетљивости повезани са болешћу бубрега код дијабетеса типа 1. ПЛоС Генет. 8. Епуб пре штампања септембра 2012. хттпс://дои.орг/10.1371/јоурнал.пген. 1002921.
16. Сандхолм Н, Зуидам НВ, Ахлквист Е, ет ал. Генетски пејзаж бубрежних компликација код дијабетеса типа 1. ЈАСН. 2017;28:557–74.
17. Ииенгар СК, Седор ЈР, Фреедман БИ, ет ал. Асоцијација на нивоу генома и транс-етничка мета-анализа за узнапредовалу дијабетесну болест бубрега: породично испитивање нефропатије и дијабетеса (ФИНД). ПЛоС Генет. 2015;11:е1005352.
18. Махајан А, Родан АР, Ле ТХ, ет ал. Транс-етничко фино мапирање истиче гене за функцију бубрега који су повезани са осетљивошћу на со. Ам Ј Хум Генет. 2016;99:636–46.
19. Таио БО, Крамер Х, Салако БЛ, ет ал. Генетске варијације у генима АПОЛ1 и МИХ9 су повезане са хроничном болешћу бубрега код Нигеријаца. Инт Урол Непхрол. 2013;45:485–94.
20. Палмер НД, МцДоноугх ЦВ, Хицкс ПЈ, ет ал. Потрага за геном за дијабетес типа 2 у целом геному код Афроамериканаца. ПЛоС Оне. 2012; 7:е29202.
21. Зханг П, Цхен И, Цхенг И, ет ал. Алкална сфингомијелиназа (НПП7) промовише апсорпцију холестерола утичући на нивое сфингомијелина у цревима: студија са НПП7 нокаут мишевима. Ам Ј Пхисиол Гастроинтест Физиол јетре. 2014;306:Г903–8.
22. Цханг ИХ, Цханг ДМ, Лин КЦ, ет ал. Холестерол липопротеина високе густине и ризик од нефропатије код пацијената са дијабетесом типа 2. Нутр Метаб Цардиовасц Дис. 2013;23:751–7.
23. Виллиамс АН, Цонваи БН. Утицај холестерола липопротеина високе густине на однос серумског гвожђа и хемоглобина са функцијом бубрега код дијабетеса. Ј Диабетес Цомплицат Епуб пре штампања 29. марта 2017.
24. Цериелло А, Де Цосмо С, Росси МЦ, ет ал. Варијабилност ХбА1ц, крвног притиска, липидних параметара и серумске мокраћне киселине и ризик од развоја хроничне болести бубрега код дијабетеса типа 2. Диабетес Обес Метаб Епуб пре штампања 21. априла 2017.
25. Сцхвиндингер ВФ, Бетз КС, Гигер КЕ, ет ал. Губитак Г протеина гама 7 мења понашање и смањује стријатални алфа(олф) ниво и производњу цАМП. Ј Биол Цхем. 2003;278:6575–9.
26. Охта М, Мимори К, Фукуиосхи И, ет ал. Клинички значај смањене експресије Г протеина гама 7 (ГНГ7) код рака једњака. Бр Ј Рак. 2008;98:410–7.
27. Демокан С, Цхуанг АИ, Цханг Кс, ет ал. Идентификација протеина који везује нуклеотиде гванина -7 као епигенетски утишаног гена код рака главе и врата профилисањем експресије гена. Инт Ј Онцол. 2013;42:1427–36.
28. Цху АИ, Денг Кс, Фисхер ВА, ет ал. Мета-анализа ектопичних масних депоа на нивоу мултиетничког генома идентификује локусе повезане са развојем и диференцијацијом адипоцита. Нат Генет. 2017;49:125–30.
29. Зоппини Г, Таргхер Г, Цхонцхол М, ет ал. Предиктори процењеног пада ГФР код пацијената са дијабетесом типа 2 и очуваном функцијом бубрега. ЦЈАСН. 2012;7:401–8.
30. Бовден ДВ, Цолицигно ЦЈ, Лангефелд ЦД, ет ал. Скенирање генома за дијабетичку нефропатију код Афроамериканаца. Киднеи Инт. 2004;66:1517–26.
31. Фреедман БИ, Бовден ДВ, Рицх СС, ет ал. Скенирање генома за завршну бубрежну болест свих узрока код Афроамериканаца. Трансплантација Непхрол Диал. 2005;20:712–8.
32. Хицкс ПЈ, Статен ЈЛ, Палмер НД, ет ал. Анализа асоцијације гена ефрин-Б2 код Афроамериканаца са завршном стадијумом бубрежне болести. Ам Ј Непхрол. 2008;28:914–20.
33. Такахасхи Т, Такахасхи К, Герети С, ет ал. Темпорално подељена експресија ефрина-Б2 током развоја бубрежних гломерула. ЈАСН. 2001; 12:2673–82.
34. Кида И, Иеронимакис Н, Сцхримпф Ц, ет ал. Реверзна сигнализација ЕпхринБ2 штити од разређивања капилара и фиброзе након повреде бубрега. Ј Ам Соц Непхрол. 2013;24:559–72.
35. Хасхимото Т, Карасава Т, Саито А, ет ал. Ефрин-Б1 се локализује на прорезу дијафрагме гломеруларног подоцита. Киднеи Инт. 2007;72:954–64.
36. Андрес АЦ, Мунарини Н, Ђонов В, ет ал. Трансгенски мишеви ЕпхБ4 рецептора тирозин киназе развијају гломерулопатије које подсећају на гломеруларне васкуларне шантове. Мецх Дев. 2003;120:511–6.
37. 1000 Геномес Пројецт Цонсортиум. Глобална референца за људске генетске варијације. Природа. 2015;526:68–74.
38. Гурдасани Д, Царстенсен Т, Текола-Аиеле Ф, ет ал. Пројекат варијације афричког генома обликује медицинску генетику у Африци. Природа. 2015;517:327–32.
39. Деланеау О, Марцхини Ј, Загури ЈФ. Метода линеарне сложености фаза за хиљаде генома. Нат Метходс. 2011;9:179–81.
40. Марцхини Ј, Ховие Б, Миерс С, ет ал. Нова метода са више тачака за студије асоцијација на нивоу генома импутацијом генотипова. Нат Генет. 2007;39:906–13.
41. Нг МЦИ, Сакена Р, Ли Ј, ет ал. Преносивост и фино мапирање локуса дијабетеса типа 2 код Афроамериканаца: Студија ресурса удружења кандидата за гене. дијабетес. 2013;62:965–76.
42. Гуан М, Ма Ј, Кеатон ЈМ, ет ал. Повезаност варијанти гена повезаних са структуром бубрега са завршном стадијумом болести бубрега приписане дијабетесу типа 2 код Афроамериканаца. Хум Генет. 2016;135:1251–62.
43. Биен СА, Војцик ГЛ, Зубаир Н, ет ал. Стратегије за обогаћивање покривености варијантама у кандидатским локусима болести на мултиетничком низу генотипизације. ПЛоС Оне. 2016;11:е0167758.
44. 1000 Геномес Пројецт Цонсортиум. Мапа варијација људског генома од секвенцирања на нивоу популације. Природа. 2010;467:1061–73.
45. Цхен Х, Ванг Ц, Цономос МП, ет ал. контрола структуре популације и сродности за бинарне особине у студијама генетских асоцијација путем логистичких мешовитих модела. Ам Ј Хум Генет. 2016;98:653–66.
46. Паттерсон Н, Прице АЛ, Реицх Д. Структура становништва и Еигенаналисис. ПЛоС Генет. 2006;2:е190.
47. Виллер ЦЈ, Ли И, Абецасис ГР. МЕТАЛ: брза и ефикасна мета-анализа скенирања геномских асоцијација. Биоинформатика. 2010;26:2190–1.
48. Фреедман БИ, Лангефелд ЦД, Лу Л, ет ал. Диференцијални ефекти МИХ9 и АПОЛ1 варијанти ризика на повезаност ФРМД3 са дијабетичким ЕСРД-ом код Афроамериканаца. ПЛоС Генет. 2011;7:е1002150.
49. Мацхиела МЈ, Цханоцк СЈ. ЛДлинк: веб-базирана апликација за истраживање структуре хаплотипа специфичне за популацију и повезивање корелираних алела могућих функционалних варијанти. Биоинформатика. 2015;31:3555–7.
50. Вард ЛД, Келлис М. ХаплоРег: ресурс за истраживање стања хроматина, конзервације и промена регулаторних мотива унутар скупова генетски повезаних варијанти. Нуклеинске киселине Рес. 2012;40:Д930–4.
51. Путоказ Епигеномицс Цонсортиум. Кундаје а, Меулеман В, ет ал. интегративна анализа 111 референтних људских епигенома. Природа. 2015;518:317–30.
52. Конзорцијум пројекта ЕНЦОДЕ. Интегрисана енциклопедија ДНК елемената у људском геному. Природа. 2012;489:57–74.
