Мултифакторска серопроилинг сецира допринос већ постојећих људских корона вируса одговора на САРС-ЦоВ-2 имунитет (2. део)

Jun 15, 2022

За више информација молимо контактирајтеdavid.wan@wecistanche.com

Резолуција оф темпорални антитело динамика од стране АБЦОРА сер-опроfiлинг.  Крст-секционианализа оф реактивност антитела након САРС-ЦоВ-2дијагноза помоћу РТ-ПЦР (N = 369) ипосле почетка офсимптоми (N = 333) подвучено тхе капацитет оф АБЦОРА сер- опроfiлинг ради сецирања почетка, врхунца и опадања САРС-ЦоВ-2 антитело одговоре (Шипак. 5a, б, Додатна слика 11). Код појединаца са a познат датум оф fiпрво САРС-ЦоВ{1}} РТ-ПЦР дијагноза или појаву симптома, АБЦОРА 2.3 детектујеед рано сероконверт-сион ин 98 одсто (48оф 49) и100 посто (9оф 9) оф физичка лица у склопу7 дана пост-РТ-ПЦР и почетак симптома, респективно. Осим тога ИгМ и ИгА реактивност, ИгГ одговори су се лако детектовали у АБЦОРА 2.0 након неколико дана инфекције (СупплементариШипак. 11a).

Лонгитудинална процена кохортеоф реконвалесцент пацијената горедо  11  месеци након инфекције (251 мерење на 120 пацијената)  истакнутотхетемпоралнидинамикаоф САРС-ЦоВ-2 везујућа антитела. Процењивали смо пропадање оf везивање реактивност запошљавајући aснага закона мешовити модел и идентификовао значајан редуакција ин РБД, S1, и N ин све Иг подтипови (Шипак. 5b) саполуживоти рангирање из 67 до 404 дана, са титарима ИгГ Н који се распадају најбржи,инлинијасаПретходна   извештаји10.   Пола-живиофтхе неутраланiзација релевантан ИгГ одговоре до РБД и S1 су 125 и 404 дана, респективно. Интригантно, кинетика неутралисања антитела учинио не огледало тхе пропадање стопе посматрано за везивање антитела. Активност неутрализације је прекомерно смањеналл ат a споријистопа, са a пола-живот од 991 дан (сл.5ц). Ово је делимично било због апомешанреактивностшаблонсанекифизичка лицапоказујућианповећати ин неутрализација активност пошта позитивним САРС-ЦоВ-2 РТ- ПЦР5, док је активност неутрализације код других брзо опала (Допунски Слика 11ц).

 

Ефекти оф ХЦВ имунитет на САРС-ЦоВ-2 аквизиција. До

омогућити истраживање међузависности између пре-егзистng иммјединство до ХЦоВ и САРС-ЦоВ-2 инфекција, ми проширен тхеАБЦОРА перла антиген низ до укључити S1 протеини оф све четири круже  ХЦоВс  (ХЦВ-НЛ63,  ХЦВ-229Е, ХЦВ-ХКУ1,ХЦВ-ОЦ43) (Судопунски Шипак. 12a). У складу до његовокапацитет до монитор антитела до fiве вируси корона, ми термин тест АБЦОРА 5.0 и обучени и валидирано то на тхе истикохорте као АБЦОРА 2.0 (Шипак. 1). Да би се омогућило директно поређење са АБЦОРА 2.0 итхекористити модела предвиђања неутрализације, микоришћени тхе праг-/Подешавања анализе заснована на СОЦ-у за АБЦОРА 2.0 такође за АБЦОРА 5.0. Заснован на АБЦОРА 5.0 мере обука кохорте I–ИИИ, ми осмислио два насумично шума-заснована анализа модели. АНЦОРА 5.4 укључено једино тхе 12 САРС-ЦоВ-2 параметре, а АБЦОРА 5.5 укључујеd индодатак тхе  S1  ХЦоВ мерења додајући до 24 параметра укупно. По аналогији саАБЦОРА 2.3, инкорпорација оф ХЦВ реактивност у тхе моделбио повољан. АНЦОРА 5.5 пружа највећу осетљивост испециfiград међу тхе анализа алгоритми пробед АБЦОРА 5.0 (Допунски Слика 12б, Додатна табела 10).

Међузависности измеђуантитело  реактивност  до  тхе  четири ХЦоВ и САРС-ЦоВ-2 огледало Шта ми претходно посматрано

за ХКУ1 са a посебно висока корелација оф ИгМ реактивност оф

САРС-ЦоВ-2 и ХЦоВс ин пре-пандемија појединци, посебно инонесаскорашњи  ХЦВ  инфекција  (ДопунскиСлика 13). ХЦВ инфекције су честе, али подложне сезонским карактеристикамаитхепреваленција оф појединац ХЦВ инфекције луцтуатес41,42. У реду са овим, преваленција одговора на ХЦВ мерена од стране АБЦОРА 5.0 ин локални крв донатори ин јануара 2019 (N = 285), Може  2019   (Н=288), и јануар 2020. (Н=252) варираознатно  (Шипак. 6). До омогућити a време-контролисан поређење ХЦВ реактивност између САРС-ЦоВ-2-заражен и здрави донатори, ми екранизован крв донатори из Може 2020  (N = 672), када САРС-ЦоВ-2 преваленција био процењено испод 2 процента у Цириху, Швајцарска43, од стране АБЦОРА 2.{{0}}/5.0 и искључио све узорке са САРС-ЦоВ-2 реактивност. Тхе преостали Може 2020кохорта (Н=653)формирана a пандемија, здрав донатор контролу група. Занимљиво,Обрасци реактивности ХЦВ-а у 2019. и 2020. разлеред суштински као проценио од стране једно-начин АНОВА, са јануаром 2020. који приказујекомпаративно најниже и Може 2020 тхе највиши ИгА и ИгГреацтивеити, која може указују a касније почетак оф ан ХЦВ епидемија у 2020. у поређењу са 2019. (т-тестови из маја 2020. у односу на друге групе сховн ин Шипак. 6).

Најинтригантније, временски усклађена анализа цомпаринг Може2020 здравих донора са САРС-ЦоВ-2-позитивним узорком пацијенатаlеду Април, Може, и јуна 2020 (N = 65) открио сигниfiцантли нижеХЦВ реактивност ин САРС-ЦоВ-2 позитивним пацијената (Шипак. 7a). Ово шаблон био такође очигледан када ми проширио анализу да би укључио тхепунакохортаоф САРС-ЦоВ-2  измерене заражене особеса  АБЦОРА  5.0 (Н=389, узорковано од марта 2020. дофебруара  2021,  Допунски  Шипак. 14). Све у свему, ови резултати инdицатед то пре-постојећи имуни одговоре до ХЦоВс може до a одређени степен заштите од заразе САРС-ЦоВ-2iна.

1655273533353

cistanche herb

Кликните овде да сазнате више о Цистанцхеу

Шипак. 5 Мониторинг темпорални еволуција оф антитело одговоре. ан АБЦОРА 2.3 дефиниција оф серопозитивност ин донатори са позитивним РТ-ПЦР потврђено САРС- ЦоВ-2 инфекција и познати РТ-ПЦР датум (N = 369). Серопозитивност рејтингО томе плазма узимање узорка време тачкапост-дијагноза је приказани. Греи осенчена површина истиче тхе први седам дана Од позитивним РТ-ПЦР детекција. bСнага закона модел, са време Од РТ-ПЦР као фиксно ефекат а појединачни као случајни ефекат, процењујући тхе пропадање оф активност везивања антитела на основу АБЦОРА 2.{1}} мерења у 1–4 уздужне временске тачке на укупно 120 особа251 мерентс. Љубичаста линије дописивати се до тхе модела процена иљубичасто засенчен области до тхе95 постосамопоуздање интервалима. Антитело пола-живи (t1/2 у данима) из значајан модели су приказани. Значај био проценио Користећи Саттертхваите апроксимација за a два-сидед t-тест на тхе нагиб параметрима. ц Моћни закон модел, са време Од РТ-ПЦР као фиксно ефекат и појединац као a насумично ефекат, процењујући тхе пропадање оф неутралишући капацитет на 251мерења из 120 физичка лица. Само физичка лица са НТ50 > 100ат њихов први мерење су коришћени до процена тхе пола-живот. Тхе љубичаста линија одговара до тхе модел процена и тхе љубичаста осенчено области до тхе95 постосамопоуздање интервалима. Значај био проценио Користећи Саттертхваите апроксимација за a два-сидед t-тест на тхе нагиб параметрима.


1655273693718

cistanche male benefits

Шипак. 6 сезонски и годишњи flуктуација ин ХЦВ реактивност. Реактивност до људски вируси корона (ХЦВ-НЛ63, ХЦВ-229E, ХЦВ-ХКУ1, ХЦВ-ОЦ43)био У поређењу од стране АБЦОРА 5.0. Реактивност ин здрав крв донатори из 2019 и 2020 био У поређењу. Пре-пандемија Узорци укључено: јануара 2019 (N = 285), Може 2019 (N = 288), јануара 2020 (N = 252). Узорци из Може 2020 (N = 672) су прикупљени у току тхе пандемија ин Швајцарска. Само узорци без САРС-ЦоВ-2 специфичним реактивност као дефинисано од стране АБЦОРА су укључено (N = 653). Звездице дописивати се до нивоа оф значај оф два-сидед т-тестови поредећи тхе назначено групе. Нивои оф значај су исправљен од стране тхе Бонферони методом за вишеструко тестирање и назначено као у наставку:        *p< 0.05/36, **p < 0.01/36,="">p< 0.001/36.Бокплотс заступати тхе следећи: медијана са тхе средњи линија, горњи и ниже квартила са тхе кутија границе, 1.5x интерквартил распони са тхе бркови, и оутлиерс са бодова.



Ефекти оф  ХЦВ  имунитет ин  САРС-ЦоВ-2  инфекција.  До

даље истраживати међузависности са имунитетом на ХЦВ, ми нектистражена да ли је ХЦВ одговоре су повезан до еволуцијеоф САРС-ЦоВ-2 антитела. До ово на крају, анализирали смо антителоодговоре у плазми 204 особе узорковане саин 60 дана након САРС-ЦоВ-2дијагноза коришћењем модела линеарне регресије прилагођено старости, полу и времену од позитивног РТ-ПЦР-а и ХЦВреактивност. До раслојавати ХЦоВ реактивност у висока и ниско ХЦоВ активност, медијаналог МФИ-НЕПРИЈАТЕЉ су деfiнед за сваки ХЦВ иантителокласа. ЛогМФИ-ФОЕ већи од одговарајућегмедијана за најмањеt три ХЦоВс (ХКУ1, ОЦ43, НЛ63, или 229E) у специfic Иг класа су рангиран као имајући висока ХЦВ активносту оквиру ове класе. Прво, само реактивности међу истим антиbодиразред верe истражен ин тхе модел (i.e., ХЦВ ИгГ висока на САРС- ЦоВ-2 ИгГ). Приметили смо изузетакллијакамеђузависности за ИгА и ИгМ одговоре на САРС-ЦоВ-2, којисвесусигниfiцантливишиинфизичка лицасависока ХЦВреактивност (Шипак. 7b). Ово снажно сугерише да већ постојећи ХЦВ имунитет може да обезбедиe ан предност ин монтажа САРС-ЦоВ-2 одговоре.Међузависности између ХЦВ ИгГ и САРС-а ЦоВ-2  специфични ИгГ су примећени само за С2 одговор. Интригантно, подржавајући овај налаз, ХЦВ С2 хелпер одговоресу недавно нашао до појачати САРС-ЦоВ-2 имунитет, инпосебно Активност С2 антитела31. Да бисте истражили да ли САРС-ЦоВ-2 ИгГ можеградити на скорашњи ХЦВ ИгА и ИгМ одговоре ми следећи пробедда ли су ХЦВ ИгМ и ИгА повезани са елеватед САРС-ЦоВ-2 специfic  ИгГнивоа.Иако никакав ефекат није био очигледан за ИгМ, ми приметио знакifiцант удружење оф висока ХЦВ ИгА активност насвечетириизмерена  САРС-ЦоВ-2  одговоре  (Шипак.  7c,  d). Ово снажно сугеришетоскорашњи  ХЦВ  инфекција имаa бенеfiцијал ефекат на повећање одговора на САРС-ЦоВ-2 антителасес.

Ин тхе следећи анализа, ми пробед ако пре-постојећи ХЦВ имунитетима ан утицај на тежину болести код ЦОВИД-а- 19. У ту сврху, мипробед ХЦоВ имунитет ин 80 хоспитализованих и нехоспитализованихфизичка лица заражен за мање од 30 дана (сл.8а). Контролисање за старости и пола, открили смо да појединци са хигх пре-постојећи ХЦВ реактивност је била значајнаантлиниже  ДДСдозахтевајухоспитализација  (логистичкирегресија  ИЛИ = 0.16, 95 посто ЦИ (0.04, 0.67), Сл.8б, Додатна слика 15). Даљи стратifiкатион офpатиентс од стране да ли је они потребан третман ат ан ИЦУ показао a смањена вероватноћа да пацијенттс са висока ХЦоВ одговор потребне стопе хоспитализација са интензиван нега (редни регресијаИЛИ {{0}}.36, 95 процената ЦИ (0. 13, 0.96), сл.8б, допунскиFиг. 15). Тако, физичка лица са висока ХЦоВ нивоа имао a 6Шансе су смањене за 4 посто захтева хоспитализацију према илидинал ранг регресиона анализа поредећи хоспитализовани ин редовно одељења, ин ИЦУ, инонхоспитализеd физичка лица   (Шипак.  8a,  b).   Колективно,  ове запажања снажно указују на унакрсни заштитни ефекатof ХЦВимунитет на формирање имунолошке одбране против САРС-а-ЦоВ-2.

1655273821434

1655273848956

cistanche para que serve

Шипак. 7 Ефекти оф пре-постојећи ХЦВ имунитет у току САРС-ЦоВ-2 аквизиција. a време-поклапа се поређење оф АБЦОРА 5.0 реактивност за САРС-ЦоВ-2и ХЦоВс ин здрав и САРС-ЦоВ-2 заражен физичка лица. Здрав донатори су узорковано ин Може 2020 (N = 653; Плави). Плазма из САРС-ЦоВ-2     заражена особаs био прикупљени између Април–јуна 2020 (N = 65; црвена). Видите Допунски Шипак. 14 заананализа оф тхе пуна САРС-ЦоВ-2 позитивним кохорта(N = 389). Греи кутије указују вредности изнад тхе појединац МФИ-НЕПРИЈАТЕЉ резати-оффс за САРС-ЦоВ-2 специфичним одговоре за сваки антиген. Звездице дописивати се до нивоа оф значај оф два-сидед t-тестови поредећи негативан наспрам позитивним пацијената. Нивои оф значај су исправљен од стране тхе Бонферони методом за вишеструко тестирање и назначено као у наставку: *p< 0.05/12, **p< 0.01/12, ***p< 0.001/12 (ИгГ ХКУ1: p = 0.66, ИгГ ОЦ43: p = 0.45, ИгГ НЛ63: п=3.3 × 10−04, ИгГ 229E: p = 1.6 × 10−05, ИгА ХКУ1: п=1.8 × 10−03, ИгА ОЦ43: п=1.3 × 10−05, ИгА НЛ63: п=1.4 × 10−07, ИгА 229Е: п=3.0 × 10−05, ИгМ ХКУ1: стр = 3.3 × 10−08, ИгМ ОЦ43: p = 4.3 × 10−03, ИгМ НЛ63: p = 1.1 × 10−07, ИгМ 229E: p = 2.7 × 10−02). Бокплотс заступати тхе следећи: медијана са средина линија, горњи и ниже квартила са тхе кутија границе, 1.5x интерквартил распони са тхе бркови, и оутлиерс са бодова. b Линеар регресија модели који показују тхе удружење између САРС-ЦоВ-2 и ХЦВ сигнали ин 204 САРС-ЦоВ-2 позитивним пацијената са познат датуми оф прво позитивним РТ-ПЦР детекција. Утицаји у склопу тхе исти антитело класа су истражена. Тхе модели су прилагођено на старости (сплине са 3 степени оф слобода), роду, време од када позитивним РТ-ПЦР (сплине са 3 степени оф слобода), и ниво оф ХЦоВ реактивност. Узорци су дизајниран до лука висока ХЦВ реактивност ако они схов АБЦОРА 5.0 ХЦВлог МФИ-НЕПРИЈАТЕЉ вредности виши него тхе одговарајући медијана ин ат најмање 3 ХЦоВ мерења (ХКУ1, ОЦ43, НЛ63, или 229E). Криве одговарају до тхе модела процена и осенчено области до тхе95 постосамопоуздање интервалима. p-вредности су добијена од стране трчање a два-сидед Ученик t-тест на параметар повезане са ХЦВ реактивност ин тхе линеарни регресија. c Линеар регресија модел показујући тхе удружење између САРС-ЦоВ-2 ИгГ и ХЦВ ИгА сигнали. Криве дописивати се до тхе модела процена и осенчено области до тхе95 постосамопоуздање интервалима. p-вредности су добијена од стране трчање а два-сидед Ученик t-тест на тхе параметар повезане са ХЦВ реактивност ин тхе линеарни регресија. d Линеар регресија модел показујући тхе удружењеизмеђу САРС-ЦоВ-2 ИгГ и ХЦВ ИгМ сигнала. Криве одговарају процени модела и осенченим областима за интервале поверења од 95 процената. п-вредностс били добијена од стране трчање a два-сидед Ученик t-тест на тхе параметар повезане са ХЦВ реактивност ин тхе линеарни регресија.


Дисцуссион

Деfiнитион оф  САРС-ЦоВ-2  имунитет после вакцинације иинфекција је од непосредне важности44–46. Дешифровање антителокорелираоф САРС-ЦоВ-2  заштитеипраћење вакцина одзивност су изазовни задаци који предстоје. Магнитуда анд дуговечност оф заштитнички антитело одговоре до природним инфекција и различит вакцине потреба до бити испитан до разуметипараметрима то облик заштитнички одговоре и усмеравање одлука о ревакцинацији код оних који нису одговорили и поновној имунизацијиnстРоман настаје САРС-ЦоВ-2 варијанте47. Исто тако, стварање значи да серолошки разликовати де ново инфекцију, реинфекција,и вакцина одговоре, њихов издржљивост и неуспеси ће остатикритички за клинички дијагноза.

Ево ми демонстрирати тхе висока корисност оф мулти-параметар сер- опроfiлирање у решавању кључних питања у дefiнинг  САРС-ЦоВ-2 имунитет.  Симултанеоусдетекцијаоф одговори антитела на а дометоф САРС-ЦоВ-2  антигенииразличит  Игкласеса АБЦОРА  серопроfiлингпружила свеобухватну слику о САРС-ЦоВ-2 серолошки статус у једном прегледу, што је цаn бити од користи за клиничку дијагнозу да би се утврдило присуствоoф реинфекција,  деfiнереинфекција,  иодговоритидовакцинација. Рачунарскимоделирањетакођедозвољенпредвиђање плазма неу-реализација капацитет из АБЦОРА резултате, омогућавање aобиман процена оф САРС-ЦоВ-2 антитело динамика И њихови интеракција саХЦВ одговоре. Ми проучавао два АБЦОРА есејверзије тхат обоје измерена ХЦВ реактивност поред тхе  12 САРС-ЦоВ-2 параметрима.АНЦОРА 2 је укључивао С1 антигенХКУ1. АНЦОРА 5 укључено S1 оф све четири циркулишући ХЦВ.Посебно, рачунски модели то укључено тхе ХЦВмерења дозвољен a виши прецизност ин одређујући САРС-ЦоВ- 2 серопозитивност, високаосветљење међузависности између ХЦоВи САРС-ЦоВ-2 одговори које треба решити.

Снимање реактивност против све четири ХЦоВс ин САРС-ЦоВ-2неинфицирани изараженфизичка лицамипосматраноинтригантанудружења. Узараженфизичка лицаприказативиши  ХЦВреактивност у поређењу са зараженим појединцима што сугеришеaдопринос оф ХЦВ имунитет до рано одбрана против САРС-ЦоВ- 2. ХЦВ имунитет такође може имати позитивне ефекте на САРС-ЦоВ-2инфекција. Ин договор са друго извештаји, ми приметио aунакрсно храњење оф САРС-ЦоВ-2 и ХЦВ одговори код инфекције САРС-ЦоВ-231,48 са физичка лица са висока ХЦВ реактивност развијати-отварање виши САРС-ЦоВ-2 антитело нивоа. Већина нарочито, већ постојећи ХЦВ имунитет имао ан утицај на болест озбиљност у нашем кохорта. САРС-ЦоВ-2 заражен физичка лица са ниско ХЦВ реактивност имао a виши вероватноћа оф захтевајући хоспитализација.

Докнашестудијаискључиво измерени одговори антитела, апотенцијалзаштитничкиефекатоф ХЦоВимунитет против САРС-аЦоВ-2 аквизиција требало би не бити гледанокаоограничен до активност антитела. Антитела и ћелијски имунитет може бити релевантани концертно активан31,49–51. Алтернативно, одговор антителаsесmеасуред ин тхе поклон студија може једино документ скорашњи ХЦВ инфецтиоn и доставити a сурогат мерење оф друго заштитничкиХЦВ одговоре. Тхе линк између виши ХЦВ  и САРС-ЦоВ-2 реактивност код заражених особа је посебно интригантно. Најјачи ефекти су виђено за ИгМ и ИгА ХЦоВ одговоре, суgгестинг то скорашњи ХЦВ имунитет пружа ан рано појачати до Развој антитела на САРС-ЦоВ{1}}ент.  Да ли јеовојезбогдо унакрсно реактивни одговори Б ћелија на којетхе  САРС-ЦоВ-2имунитет гради на и сазрева или да ли је крст-реактиван T помоћникактивностииградоминантну улогу као што је предложено31  ће бити важно до решити ин напред-долази студијама. Тхе тачну улогу и тиминg оф ХЦоВодговореутичући  САРС-ЦоВ-2  антителоодговоре такође остати до бити деfiнед. Рано ниско-афfiност ХЦоВ одговори може имати a позитивним утицај на тхе развој од САРС-а-ЦоВ-2 имунитет формирањем имунолошке меморије на којој до градити, док амплиfiкатион оф нон-заштитничкиунакрсно реактиванХЦВ антитела у складу до тхе антигена грех принцип може имати негативни ефекти30.

Мадаудружењестудије као што је наша формално не могу деfiне узрочност, тхе последице оф наше налази су евидентни: Претходноимунитет до ХЦВ може заштитити до неки обим против САРС-ЦоВ-2 аквизиција, иможе обезбедити a појачати до тхе развој од САРС-а-ЦоВ-2 специfic имунитет и са ово ниже тхе ризик затешкахоспитализација.  A  скроманзаштитни ефекат ХЦоВимунитет би бити a уверљиво објашњење за тхе високапропорцијаоф асимптоматски и благе САРС-ЦоВ-2 инфекције52,53. Чак више интригантне су будуће перспективе. Као и други и миимати показано, САРС-ЦоВ-2 и ХЦВ имунитет до инфекција сучесто не дугачак-Трајан (Шипак. 5, Допунски Шипак. 11)5,54, ограничењето  САРС-ЦоВ-2  вакциненадати седосавладати. Требало би САРС-ЦоВ-2  одговореинредобезбедитистепен одбране против ХЦВ-а инфекција, широк заштите против вируси корона може бити у рсваки.

1655273986393

cistanche pharma special

Шипак. 8 Утицај оф ХЦоВ имунитет на КОВИД-19 озбиљност. a Удружење оф хоспитализација статус (не хоспитализовани (N = 16); хоспитализовани не ин ИЦУ(N = 42); хоспитализовани ин ИЦУ (N = 22)) и висока или ниско ИгГ ХЦоВ реактивност. Правоугаоник величине дописивати се до тхе пропорција оф укључено пацијената. b Утицај на ХЦоВ реактивност (ниско/висока) на тхе хоспитализација статус ин a подскуп оф N = 80 пацијената, као процењено са квоте односима, ин ан редни регресија (са нивоима = не хоспитализовани (N = 16); хоспитализовани не ин ИЦУ (N = 42); хоспитализовани ин ИЦУ (N = 22)) и a логистички регресија (референца = не хоспитализовани(N = 16); наспрам све хоспитализовани (N = 64)). Подаци је представљено као параметар процена и његово95 постосамопоуздање интервал. Ниво оф значај оф параметар је добијена са a два-сидед t-тест (p-вредност је приказати ако <>иначе назначено као n.s.).


јатходс

Хуман примерак. Серум а узорци плазме су прикупљени пре и после ницања

САРС-ЦоВ-2 уШвајцарска (пре ипосле фебруара 2020, редом) суукључено. Не пацијент упис био спроведено за тхе поклон студија. Свеексперименти укључујући Узорци из људски донатори су спроведено уз одобрење од одговориибле локални етика комитет (Кантонале Етхиккоммиссион) Цирих,

Швајцарска (БАСЕЦ бр 2020-01327, 2020-00363; 2021-00437; 2020-00787), од тхе одредбе оф тхе Декларација оф Хелсинки и тхе Гоод Цлиницал Вежбајте Смернице оф Међународна конференција о хармонизацији. Узорци су добијена из следећи извори: (и) давање крви у Цирихусервисес (ЗХБДС): Анонимизовано здрав одрасла особа плазма из пре-пандемија времебодова (јануара 2019, Може 2019,и јануара 2020.) и од првог таласа пандемија у Цириху, Швајцарска (Може 2020) су обезбеђено од стране тхе ЗХБДС унутрашњег складиште серума и контраент за ово студија био одустао од стране тхе етика комитет(БАСЕЦ 2021-00437). (ии) Анонимизовано остаци узорака из рутинске дијагностике ат тхе Институт оф Медицински Вирологи, Универзитет оф Цирих, тхе Универзитетска деца Болница Цирих, и тхе кантонални Болница Винтертхур (БАСЕЦ бр2020-01327, 2021-00437). Писмени информисани пристанак је добијен од свих учесникачији узорак ваs узети у току тхе пандемија ат тхе Универзитет БолницаЦирих (БАСЕЦ 2020-01327). За узорке пандемије из других болница анd препандемија Узорци сагласност био одустао од стране тхе етика комитет. (иии) Здравствена заштитарадници код којих је РТ-ПЦР потврђена инфекција САРС-ЦоВ-2ион учествујући ин a студија ат тхе Универзитет Болница Цирих (БАСЕЦ 2020-00363). Написано информисани сагласност је била добијена из све учесника. (ив) Мушки плазма донатори учествујући ин а САРС-ЦоВ-2 плазма терапија студија спроведено у Универзитетској болници у Цириху(ЦПТ-ЗХП, Свиссмедиц 2020ТпП1004; БАСИЦ 2020-00787). Писано обавештендобијена је сагласност за истраживање од свих учесника. Тон извештавање оф све људски и патиент податакаодговара сатхеСТРОБЕ изјава. Пре-пандемија (САРС- ЦоВ-2 негативанве, N = 825) и цонfiрмед САРС-ЦоВ-2 позитивним Узорци (N = 389)су подељено у обука и валидација кохорте (Допунски Сто 3).          Доступни демографски подаци дата на роду, старости, време Од позитивним РТ-ПЦР иsсимптом почетак, и хоспитализација статус су пријавио ин Допунски Сто 11.Тхе САРС-ЦоВ-2 обука кохорта (N = 175) укључена плазма прикупљена токоминфекција (Н=114) и реконвалесценција (Н=61). По донор само једно узимање узорка времетачка је укључена, лонгитудинални Узорци оф донатори укључено ин тхе обука кохорта су били не укључено ин тхе валидација кохорте да се утврди независност кадапроцењујући тхе осетљивост и специфичности различитих дијагностичких метода. Тхе   САРС-ЦоВ-2 валидација кохорта (N = 214), састоји плазма прикупљени током инфекције (N = 90, једна временска тачка узорковања по даваоцу) и реконвалесценција

(N = 124, 79 реконвалесцентних пацијената са 1–4 лонгитудинална узорка). Више путабодова оф реконвалесцент пацијената су укључено ин тхе скуп података за валидацију за снимање а широк спектар ванинг антитело титри. Попречни пресек анализа био заснован наУзорци са познат време Од позитивним РТ-ПЦР (N = 369) или познат време од симптома почетак (N = 333), оба укључујући запажања лонгитудиналне анализе.И време од позитивног РТ-ПЦР-а и времеОд почетак био познат за330 узорака, са средњим временом од три даис између симптом почетак и РТ-ПЦР(1ст–3рдквартил: 1–7 дана). Заснована је лонгитудинална анализа реактивности антитела на 251 опсервацију од 120 конвалацент пацијената са познат време Од позитивним РТ-ПЦР и време од појаве симптома. Неутрализатион ваs измерена на 467 САРС-ЦоВ{1}} РТ-ПЦРпозитивним Узорци (N = 369 са познат време Од позитиван РТ-ПЦР, N = 333 са познат време Од симптом почетак).

Даље смо проценили унакрсну реактивност АБЦОРА 2.0 и 5.0 на левој страниt-преко плазмаиз рутинске дијагностике у препандемијској контролној групи витх документовано, недавни ХЦВ инфекција (обука ИИ, N = 75; ОЦ43 (N = 27), ХКУ1 (N = 17), НЛ63      (N = 22), 229E (N = 9)). Циркулише ХЦВ је уобичајено само екранизован за инхоспитализоване, тешке респираторне инфекције и ослабљен имунитет физичка лицакоји се рутински подвргавају братуад скрининг за респираторни инфекције. Стога, ин овај пацијент група, обоје смањена антитело реактивност због до имуни компромитујући илиповишен ХЦВ антибоди реактивност због до скорашњи или понављајући ХЦВ инфекција можејављају. Како је ова група дијагнозастатички релевантан ми разматрати то разборит до укључи ово кохорта као обука ИИ података комплет до проверити ако крст-реактивност са САРС-ЦоВ-2 инАБЦОРА јавља у овој поставци. Подаци о обуци ИИ нису укључени у праг деfiнитион до не преко-заступати физичка лица са тешком болешћу. Овај ХЦВ-инфицирангрупа приказати свеукупно ниже реактивност са САРС-ЦоВ-2 него плазма изздрав одрасли али важно показао не индикација оф унакрсна реактивност (сл.1a, b). Пандемиц самплес из анонимни крв донатори са непознат САРС-ЦоВ-2статус прикупљени ин Може 2020 (N = 672) су не укључено ин обука и валидација кохорте.

 

Реагенси и ћелијске линије. Хис-таггед САРС-ЦоВ-2-изведено антигени (рецептор

везујући домен (РБД), подјединица С1 (С1), подјединица С2 (С2), нуцлеоцапсид беланчевина (N)) и С1 од тон четири циркулишући ХЦоВс (ХКУ1, ОЦ43, НЛ63, 229E) су купио из Сино Биологицал Еуропе ГмбХ, Есцхборн, Немачка (ДопунскиСто 12). Извори, специфичности и концентрација антитела за детекцију и контролу и серуми који се користе за АБЦОРА и тестове неутрализацијетс су наведен ин Додатна табела 13. 293-Т ћелије су добијене из Америчке колекције типских култура(АТЦЦ ЦРЛ- 11268)55. ХТ1080/АЦЕ2цл. 14 ћелије33 су љубазно обезбедио П.Биениасз, Рокфелер Универзитет, НИ. Обоје ћелија линије су културан ин ДМЕМцонтаининг10 постоФЦС.

 

Дизајн оф мултиплекс перла есеј АБЦОРА 2.0. Ми успостављена два перла-заснованмултиплексирани САРС-ЦоV-2 имуноесеји (АБЦОРА 2.0 и АБЦОРА 5.0) тоукључивао низ САРС-ЦоВ-2 и ХЦоВ антигени (Сино Биолошки ЕвропаГмбХ, Есцхборн, Немачка, Додатна табела 12). Четири САРС-ЦоВ-2 антигенс- РБД, S1, S2, и N - су укључено ин обоје АБЦОРА 2.0 и АБЦОРА 5.0.АНЦОРА 2.0 укључено ин додатак S1 оф ХЦВ-ХКУ1, иАБЦОРА 5.0 укључено S1оф све циркулишући ХЦоВс (ХЦВ-НЛ63, ХЦВ-229E, ХЦВ-ХКУ1, ХЦВ-ОЦ43). Ин кратак, појединац МагПлек перле (Луминек Цорпоратион, Аустин, ТКС)    витх уникуе флуоресцентне перла региони су изабрани за сваки антиген, перле суспрегнуте и мешавине зрнаца спрегнутих са антигеномsсуинкубирано са пацијент плазма ин a 96-добро тањир комплет-горе. Тхемедијана Флуоресцентно Интензитет (МФИ) оф плазма везана за перлеантибодије био измерена користећи a ФлекМап 3D читалац (Луминек Цорпоратион,Аустин, ТКС). Ми дизајниран тхе есеј до фулfiлл тхе следећи критеријума: (i) висока брзина-циfiград, осетљивост, и репродуктивност, (ии) флексибилан мултиплекс дизајн то омогућава директно додатак и/или измена оф антигени; (иии) широк динамичан домет;  (ив) опционо куантиfiкатион оф антитело одговоре; (v) опционо снимање офантителоодговоре на ХЦоВ и (ви) употребу у рутинине дијагностика и истраживања.

Изабрали смо стерицал оријентација ухватити преко анти-Његово антитела до осигурати a приказ хомогеног антигена. Дакле, карбоксиловани МагПлек перле (Луминек

Цорпоратион, Аустин, ТКС) су спрегнути са анти-Његово антитело (Сино Биолошки

Европа ГмбХ, Есцхборн,Немачка, Додатна табела 13) а затим спојена са Хис-означенимантигени Користећи Био-Плек Амине квачило (Био-Рад ЛабораторијеАГ, Црессиер, Швајцарска) према иупутства и каоописано56.

Титрација серума/плазме се генерално сматра најтачнијим стратеги доретриеве квантитативан информације на антитело реактивност. Међутим, ин дијагностички користититестови идеално требало би доставити (семи)-квантитативан информације из a појединачни серумразблаживање до дозвола довољан проток. Услови финализованог теста покривали су а 2-лог МФИ опсега у свим испитиваним комбинацијама антиген-Иг (додатна слика 1).Ратификација тхе пуноважност оф Користећи a једно плазма разблаживање, ми цонfiрмед то плазмаиз САРС-ЦоВ-2 позитивним пацијената и пре-пандемија САРС-ЦоВ-2негативанузорци плазме показују оптималну дозу-одговор Криве преко a широк плазма разблаживањедомет (Допунски Шипак. 1f). Важно је, a 1/100 разблаживање оф плазма био ин свеслучајевима Близу до максималног сигнала, подвлачећи да се плазма повећаваконцентрација не би повећала интензитет сигнала, већ би пре ендангер опадајућисигналс због до прозоне ефекти (Допунски Шипак. 1f).

Максимално анти-Његово антитело лоадинг био постићи ат 5 µg антитело пер милионаперле (Супплемулазни Шипак. 1c) и коришћени као a стандардне квачило стање. Ин тхе fiналпротокола,пет милиона магнетних перли повезаних са анти-Хис антителом је инкубирано са Његово-таггед антигени разблажен у ПБС у концентрацији од 320 нМ.Фикоеритрин (ПЕ) обележена секундарна антитела специфична за ИгГ, ИгА, или ИгМ сукористе се као детекторска антитела (додатноСто 13). Квалитет контролу оф тхеантиген лоадинг био изведена од стране инкубирање тхе перле са моноклонскиантитела која циљају на одговарајући ЦоВ-деривед антиген као детаљан инДодатна табела 12. Анализа је обављена витh тхе ФлекМап 3D читалац(Луминек Цорпоратиоn, Аустин, ТКС) са тхе аквизиција оф ат најмање 50 перле перперли регион. Резултати аре снимљено као МФИ пер перла регион.

Уведено је неколико мера контролеаллед до утврдитимеђу-и интра-есејперформансе. Да би се утврдило да је низак тест до-есеј варијабилност, велики серије офиндивидуални антиген напуњен беадс су припремљен и смрзнути ин аликвоти све док коришћени ат-20 степенC до заобићитхепропадање оф тхе антиген-спрегнути перле (допунска слика 1). Појединачне спрегнуте перле су помешане на дан тестирања до ииелд тхе потребан антигенкоктел од перли. Коктели су садржали 60 перли стрер перла регион пер µl. Ин додатак дорегионима САРС-ЦоВ-2 и ХЦВ куглицама, сваки коктел је укључивао испражњењеy перли регион (не антиген спрегнути) до контролу за унспециfic везивање. Квалитет контролу и валидацију процедуре за тхе ФлекМап 3D инструмент су Готово на сваки дан одексперимент аццнаручивање дотхепроизвођач's упутства. Тхе варијабилност оф тхе есејбио анализирао као у наставку56: плазма Узорци из 20 РТ-ПЦР цонfiрмед САРС-ЦоВ- 2 заражена пацијента су спојена и тестирана овер a домет оф седам разблажења ин 31  различите титрације изведена на 10 различит дана (Допунски Шипак. 2). Широмсве антигени и Иг класе, сигнали су задржала преко тхе тест раздобље оф 25дана пост зрна спојница. Коефицијенти варијације (ЦВ) сигнала везивања преко титрацијеод 12 комбинације антиген-Иг класенације доказано ниско (домет: 0.010–0. 128, медијана  0.059, допунска слика 3ц, д, допунске табеле 1, 2). Истог дана и из дана у данваријабилност стрровед ниско и упоредиви (Допунски Шипак. 3e, f). Испод a 1/ 100 плазма концентрација, Си-Ви повећана изразито (Допунски Слика 3д),         дефинишући 1/100 као највећу концентрацијуна (најниже плазма разблаживање) до бити тестиран ин тхе есеј. Разблаживање плазме 1/100 је стога дефинисано као основноразблаживање за скрининг плазма ин АБЦОРА 2.0 када a квалитативно (тј. присуство или одсуство САРС-ЦоВ- 2специфична антитела) или семи-квантитативно (тј. интензитет МФИ сигнала) очитавање јеrекуиред.

Сва АБЦОРА мерења су била деривед из једно мерења осим аконаведено другачије. За мерење специфичности САРС-ЦоВ{1}}c антитела ин пацијент плазма,топлотно инактивиран плазма (1 h ат56 степениC) био разблажен 1/100 ин ПБС-БСА1 постоосим акодругачије речено. 50 µл разблаженогед плазма су инкубирано са 50 µl оф тхе АБЦОРАантиген перла коктел за 30 минута ат соба температура ин 96-добро плоче, опране три пута са ПБС-БСА 1 проценат, и инкубирано у одвојеним реакцијама витх пхицоеритхрин (ПЕ)-означене детектор антитела за ИгГ, ИгА или ИгМ ат a fiналну концентрацију оф 1/500 у ПБС-БСА 1 проценат. Ово разблаживање је претходно дефинисано сатитрација детекторских антитела да би се добили оптимални МФИ сигнали. После 45 минутес офинкубације на собној температури, перле су три пута испране са ПBS-БСА1 постои анализирао ин 96-добро плоче на ФлекМап 3Д читачу (Луминек Цорпоратион, Аустин, ТКС). A минимум оф 50 перла чита пер антиген био стечено.

За контролу правог унакрсног реактивног антителагодине, сваки плазма узорак биооцењено са беадс без антиген (празан перла контролу) ин комбинација којасваки детектор антибоди. За анализа, сирово МФИ вредности су трансформисана до МФИ-НЕПРИЈАТЕЉ до исправан за позадини везивање.Утврдили смо средњу празну перлу МФИ-ФОЕ за ИгГ, ИгА и ИгМ здравих донатора пре пандемије (Н=1016) и сеt значи МФИ-НЕПРИЈАТЕЉплус4к стандардна девијација као праг за контролу празне перле.Ин апсолутни нивоа, ове прагови износио до МФИ-ФОЕ 41,58 (ИгГ), 55,91 (ИгА), и 269,47 (ИгМ).Mмерења за која тхе празан перла контролу снимљено вредности абове ово праг су разматрати неважећим и поновљено.

Свака плоча за Луминек анализу 96-бунарића је подешена на контаин тхе исти комплет офконтролу Узорци, Наиме 7 серијски 4-фолд разблажења САРС-ЦоВ-2 позитивне контроледонатор базен (N = 20 донатори, почевши разблаживање 1/100, Допунски Шипак. 1f) и а пре-пандемија здрав донатор базен (разблаживање 1/100, N =20 донатора, допунскиСлика 1ф). Ове позитивне и негативне контроле омогућавају контролу перформанси тестанцениз независних мерења и поред тога омогућитиретроспективностандардизација против екстерних контрола ако је потребнодед.

Дефиниција оф САРС-ЦоВ-2 серопозитивност ин АБЦОРА 2.0 и АБЦОРА 5.0. Доразликовати САРС-ЦоВ-2-специфична од унакрсно реактивних антитела,efiнед МФИ- ФОЕ прагови за сваки од 12 САРС-ЦоВ-2 антигена и комбинације Иг класеs на основу плазма антитела реактивност ин обука кохорте (Допунски Табле 3 и 4). То укључује здраве донаторе пре пандемије пласма (обука I, N = 573),донатори са скорашњи ХЦВ инфекција (обука ИИ, N = 75; ОЦ43 (N = 27), ХКУ1 (N = 17), НЛ63 (N = 22), 229Е (Н=9)) и донатори са потврђеном инфекцијом САРС-ЦоВ-2 (обука ИИИ, N = 175). Прагови су комплет до минимизиратилажно позитивандок обезбеђивање осетљивост за САРС-ЦоВ-2откривање антитела и да се дође до анукупна специфичност изнадe99 постои укључено нивоа за граница-линија реактивност за ИгГРБД,ИгГ S1, и ИгГ N до дозволити такође скроман антитело реактивност до ове антигени to бити испитан. МФИ-НЕПРИЈАТЕЉ чита оф појединац Узорци су трансформисана увредности сигнала-овер цут-офф (СОЦ) (МФИ-ФОЕ/праг). СПЦ валуес су коришћени замагарцасинг позитивним реактивност за сваки појединац антиген-антитело класа комбинација, са СОЦ > 1 означава позитивну реактивност, а СОЦ < 1 означава негативну реактивност.Када подешавање појединац прагови, то мора бити разматрати то за сваки оф тхе 12 пробед активности може доћи до унакрсне реактивности. Са 12 појединачних СОЦ параметара забележено, укупно специfiград ће смањити ако било који позитивним СПЦ самостално суфfiцес до стопа a узорак свеукупно као САРС-ЦоВ-2 антитело позитивним. До примерити:Под претпоставком независни одговори, чак и висока специфичност од 99 процената за сваки антиген ће сабрати тo укупна ниска специфичност од 88 процената у целом тесту. Стога смо захтевали фоr САРС-ЦоВ-2 позитивним зове ин АБЦОРА 2.0 a минимум оф два специfiградова до досегнутиактивност изнадтхепраг. Комбиноване вредности СОЦ-а које се користе за дефинисање укупногсеростатус датог узорка је детаљно приказан у Додатној табели 5. За ИгG РБД, S1, и N,за које смо такође евидентирали граничну активност СПЦ, дозволили смо акомбинација 1 антигена реактивност СОЦ > 1, друга реактивност СОЦ > гранична. Тхе fiнал праг и позитивним позив критеријума дозвољен за диференцијација од делимичног (рано сероконверзија са само ИгМ и ИгА одговоре) до пуна сер-          конверзија (укљлудинг ИгГ одговоре) (Допунски Сто 5). Ин додатак, критеријумима означавају узорке са слабом реактивношћу и/или неодређеном реактивношћу(Додатна табела 5).

Да бисмо олакшали поређење измеђуеен АБЦОРА 2.0 и АБЦОРА 5.0 тхе истипраг граничници су коришћени за АБЦОРА 5.0. Одлучили смо да не правимо посебне границепрагови за реактивност ХЦВ антитела као аn тачан деfiнитион оф a негативанодговор је сложен због широко распрострањене изложености ХЦоВс и консидераблеунакрсна реакција антителативност између њих. ХЦВ одговоре су Међутим укључено у статистицицал анализе као МФИ-НЕПРИЈАТЕЉ вредности.

Дефиниција оф САРС-ЦоВ-2 серопозитивност Користећи логистички регресија класификација.

Цлассиfiкатион оф серопозитивна наспрам серонегативни Узорци ин Реализована је АБЦОРА 2. 1Користећилогистички регресија. Тхе идентичне обука и валидација података коришћени за тхе оснивање оф АБЦОРА 2.0 су коришћени. Као тхе АБЦОРА 2.0 везујуће реактивности су биле у великој корелацији, укључили смо следеће варијабле у модел (допунски Шипак. 6a): тхе значити вредност од свих ИгГ МФИ-ФОЕ одговора (РБД, С1, С2, Н), тхе значити вредност оф ИгА МФИ-ФОЕ одговори против РБД, С1 и С2 и средња вредност вредност ИгМ МФИ ФОЕ одговора на РБД, С1 и С2. ИгА и ИгМ одговорs до Н су искључени јер нису били групирани са другим одговорима истог Иg класа (Допунски Шипак. 6а). Логистичка регресија је коришћена за процену и предвиђање вероватноћа датог узоркаe до бити позитивним (p) као описано ин једначина (1).

стметара  0, G, A, и  M су процењено на тхе обука скуп података. A узорак је тада дефинисано као позитивно ако је његова предвиђена вероватноћа да буде позитивна била већаa праг c/. Овај праг је дефинисан да би се постигла специфичност од најмање 0.99 и максимална осетљивост на скуп података за обуку (слично тo c за тхе насумично шума). Инрезиме, ин АБЦОРА 2. 1, сваки нови узорак се дефинише као серопозитиван ако је његова вероватноћа да је серопозитиван према процени логистичке регресије изнад ц/. Анализира миre изведено у Р верзијиn 3.6.3. Дефиниција оф САРС-ЦоВ-2 серопозитивност Користећи насумично шума класификација.  Класификација серопозитивних версус серонегативни Узорци интхеконтекст оф АНЦОРА 2.0 и АБЦОРА 5.0 је био реализед Користећи a насумично шума приступ следећи тхеосновна поставка рандом шуме као описано ин57. Тхе насумично шума сама себе био изграђен ансамбла од 1000 класиfiкационих стабала који користе МФИ-ФОЕ одговоре (ИгА, ИгГ,иИгМ против РБД, С1, С2,N). Тхе вероватноћа оф a узорак биће позитивним као пре-  диктира насумична шума је просек пробабилитиес преко све 1000 дрвеће. Коначно, узорак је дефинисаннед као позитивним ако његово вероватноћа оф биће позитивним је изнад a тхресхоld c, која је деfiнед као до добити a специfiград оф ат најмање 0.99 и a максималан осетљивост у возуинг скуп података. Ин резиме, било који Нова узорак је деfiнед каосеропозитивна ако итс вероватноћа оф биће серопозитивна као процењено од стране тхе насумичношума је изнад тхресхолд c. Ми спроведено a серије оф насумично шума анализе који су узимали у обзир или само САРС-ЦоВ-2 одговоре или САРС-ЦоВ-2 и ХЦВ   одговоре ин АБЦОРА 2.0 и АБЦОРА 5.0: АБЦОРА 2.2 и АБЦОРА 2.3 су билиобучени и коришћени за предвиђање на АБЦОРА 2.0 података и укључено само САРС-  ЦоВ-2 одговоре или САРС-ЦоВ-2 и ХКУ1 одговори, респективно. АНЦОРА 5.4 (само одговори САРС-ЦоВ-2) и АБЦОРА 5.5 (САРС-ЦоВ-2 и ХЦВодговоре) су обучени на АБЦОРА 5.0 подаци. Детаљи о укључивању података за односно модели су наведен ин Допунски Сто 3 и Допунски Сто 10. Анализе су обављене у Р верзији 3.6.3 коришћењем пакетаес рандомФорест и     ренџер58–61.

Да бисмо осигурали робусност наших налаза, урадили смо сеосетљивост анализа рандомизацијом скупове података за обуку и валидацију користећи 5-преклопну унакрсну проверуметодом. Оба сетаоф позитивним и негативи Узорци су подељено у fiве једнакиделови и ми деfiнед то начин fiве валидација сетови (састоји оф тхе i-тх комплет офпозитивне итхе i-тх комплет оф негативи, i = 1.5). Тхе одморити се оф тхе података био коришћени заобука тхе АБЦОРА 2.3 случајна шума. За сваки сет за валидацију, специфичност иосетљивост оф тхе насумично шума су израчунати на тхе обука, валидација, и обукуплусвалидација сетови (Допунски Табела 6).

 

Валидација и верификација Користећи спољашњи контроле. Ми коришћени тхе Анти-САРС-  ЦоВ-2 Панел за вериfiкацију за серолошке тестове (НИБСЦ код: 20/B770, НИБСЦ) допроверите перформансе АБЦОРА 2.0 и АБЦОРА 2.3 теста. Серумsобиљеоф тхе вериfiкатион панел измерена од стране АБЦОРА 2.0/2.3 како је описано и резултатиу поређењу са резултатима комерцијално доступних тестова које је пријавио НИБСC (32 и допунска табела 7). Ве фуртњеној вериfiед тхе осетљивост оф тхе АБЦОРА 2 тест ин откривање САРС-ЦоВ-2 инфекција ин директно поређење са комерцијалнимтестови. Антибоди статус оф плазма из САРС-ЦоВ-2 позитивним физичка лица (N = 171) била је анализиранаd са тхе следећи тест система: Укључено тест система циљано тхе N беланчевина (Елецсис® Анти-САРС-ЦоВ-2 (Роцхе Диагностицс ГмбХ)), регион РБД оф тхе S беланчевина (Елецсис® Анти-САРС-ЦоВ-2 С тест (Роцхе Диагностицс ГмбХ)),и тхе S1 подјединица (ЕУРОИММУН Анти-САРС-ЦоВ-2 ЕЛИСА (ИгГ)) (ДопунскиТабела 8). Сви тестови су обављени прематхе произвођач'с упутства ин тхе дијагностика јединица оф тхе Институт оф Медицински Вирологи, Универзитет Цирих, Швајцарска.

 

САРС-ЦоВ-2 везивање антитело титри. До деfiне везивање антитело титри, осам

серијски 4-фолд разблажења почевши са a 1/25 разблаживање оф плазма су припремљен и мерено ин АБЦОРА 2.0.Да би се извукле квантитативне информације, вредности МФИ су исправљене за позадини активност (МФИ-празан перла контролу) и ми деfiнед површина испод тхе МФИ крива (АУЦ) кроз серију разблажења за сваки антиген-Игкомбинација. Као друго квантитативно очитавање, израчунали смо 50 процената ефективног титраконцентрације (ЕЦ50) Користећи a четворопараметарска логистичка крива (и=Боттом плус (Топ-Боттом)/(1 плус 10^((логЕЦ50-X) * ХиллСлопе))).

 

Квантификација оф САРС-ЦоВ-2 S1 и РБД активност. Ми коришћени два приступа достандардизовати САРС-ЦоВ-2 S1 и РБД активност. Тхе fiпрво је базиран на С1/РБД специфично антитело ЦР3022 (38 и допунска табела 13). Серијска разблажења ИгG, ИгА, и ИгМ верзије оф ЦР3022коришћени су за креирање стандардних кривих на РБД и С1 премазd перле. Тхе линеарни домет оф тхе стандардне и узорак разблаживање Криве биокоришћени за квантитације. Ми fiттед a четири-параметар логистички крива (y = Дноплус    (Врх-Дно)/(1 плус10^((логЕЦ50-X) * ХиллСлопе))) (Допунски Шипак. 7b)

тхроугh која МФИ вредности оф измерена Узорци су интерполирано у aодговарајућиконцентрација офантитело (µg/мл). Ми коришћени ово приступ до квантификовати тхе концентрација реактивности РБД и С1 антитела у позитивној контроли донораикоришћене титрације фонда донора укључене у свакиАБЦОРА тањир до израчунати тхеС1 и РБД коншатор оф плазма УзорциО томе то. Ми коришћени тхе исти стратегијаин комбинација са тхе КО Интернатионал Стандард Анти-САРС-ЦоВ-2 Имму-

глобулин (НИБСЦ 20/13632) до одложити ИУ/мл садржаја оф тхе унутрашњег АБЦОРАпозитивним донатор базен и тхе појединац примерак тестиран (Допунски Шипак. 7). ТхеКО Интернатионал Стандард састоји се оф a базен оф плазма из физичка лица са потврђеном инфекцијом САРС-ЦоВ{1}}. РБД и С1 садржај АБЦОРА позитивног донора базен куантиfiед преко тхе поликлонски КО стандардне био високо слично у склопусвака Иг класа (Допунски Шипак. 7b). Ин контраст, РБД вредности процењено од стране тхемАбЦР3022 су a фактор 2.4–3.9 ниже него тхе одговарајући S1 вредности, сугеришућиаффинити дифференце оф ЦР3022 за тхе два антигени (Додатна Сл. 7b).

Темпорал еволуција оф САРС-ЦоВ-2 везивање антитело одговор. Антитело

мерено је везивање 140 реконвалесцентних пацијенатаd уздужно ин274 мерењаса АБЦОРА 2.0, укључујућиg 251 мерења из 120 пацијената са познато време од ппозитивна РТ-ПЦР. Ми претпостављено тхе антитела (анализирао каолог МФИ-НЕПРИЈАТЕЉ) су опада са време из 21 дана после позитивним РТ-ПЦР и процењено тхе пропадање Користећи a мешовити модел по степену са случајним ефектом напресретнути62. Као временску мерурес дана пошта fiпрво позитивним РТ-ПЦР резултат (Шипак. 5b) илидана након појаве симптомаомс (Допунски Шипак. 11b) су запослен. Пола-живи (t1/2, ин дана) оф сигниfiцант одговор са негативним распадима израчунати су на основу тхе односно процењени параметри распадања. Анализе су обављене у Р верзији 3.6.3 Користећи пакети лме4 и лмерТест63.

САРС-ЦоВ-2 псеудо-неутрализација есеј. САРС-ЦоВ-2 плазма неутрализација

активност је дефинисана коришћењем псеудо заснованог на ХИВ-увирус система као описано33. Тхеенв-инактивирано ХИВ- 1 репортер конструисати ХИВ- 1НЛ4-3 ΔЕнв-НаноЛуц (ХИВ-  1Нанолуц) и ХТ108{{0}/АЦЕ2цл. 14 ћелија је љубазно обезбедио П. Биениасз,       Рокфелr Универзитет, НИ, сад. До Креирај a САРС-ЦоВ-2 спике изразплазмид (P_ЦоВ2_Вухан), a кодон-оптимизовано C терминал скраћени (АА 1255-  1273) шиљак који кодира ген страин Вухан-Ху- 1 (ГенБанк приступање не.           МН908947) wкао синтетизовао (ГенеАрт, Тхермо Фисхер Сциентиfic, Валтхам, МА) и клонирано у пцДНА.3. 1. Псеудотипни вируси који експримирају шик САРС-ЦоВ-2били су генератед од стране цо-трансфекција 293-T ћелије са a мешавина оф ХИВ- 1Нанолуц, П_ЦоВ2_Вухан и ПЕИ Мак (Полисциенцес Еуропе ГмбХ, Хирсцхберг, Немачка). После 48 h вирус, супернатанти су филтрирани (0.2 µм) и чувани у аликвотима на −80 степени до употребе. Инфективност вирнас Акције као измерена од стране инфекција оф ХТ1080/ АЦЕ2цл. 14 ћелија. За овај 384-бунар плоче културе претреатед са поли-L-Лисине су засејана са ХТ1080/АЦЕ2цл. 14 (2200 ћелија/бунарић) један дан пре теста. Ћелијесу заражен са титрирано вирус Акције и НаноЛуц луцифераза активност ин ћелијализатибиоизмерена 48 h пост-инфекција коришћењем Нано-Гло Луциферасе Ассаи система (Промега, Фитцхбург, ВИ). За ово, ћелије су испране једном витх ПБС, тхесупернатант

био уклоњенед и ћелије су лизирано са 20 µl/добро оф Луцифераза Ћелија Лисис реагенс

(Промега, Фитцхбург, ВИ) за 15 мин испод континуирано тресући се ат собатемпература. 20 µл 1/50 разблаженог НаноГло пуфера вере додао је и НаноЛуц луциферазаактивност (у односу светлости јединице, РЛУ) био измерена после 5 мин инкубација ат собна температура на a Перкин Елмер ЕнВисион читач. Унос САРС-ЦоВ-2 псеудо-вируси за неутрализацијуn есеји био прилагођено до принос вирус инфективностодговарајућидо 5–10 × 106 РЛУ (одговара 100-250-фолд овер бацкгроундРЛУ вредности) у одсуству инхибитора. За мерење активности неутрализације плазмеy шест серијских 4-струких разблажења стартина плазмеg ат a 1/25 разблаживање су припремљен. 20 µl оф тхе разблажен плазма и 20 µl офтхевирус су преинкубирано 1 х на 37 степени и затим 30 µл мешавине вирус/плазма је троднешено до 384-добро плоче засејана саХТ1080/АЦЕ2цл. 14 ћелија у запремини од 30 µл. Ово је резултирало коначном концентрацијом почетне дилутион оф 1/100. Плазма неутрализација титри изазивајући50 одсто, 80 одсто,и90 постосмањење ин вирусна инфективност (НТ50, НТ80, и НТ90,односно) упоређивао до контроле без плазма су израчунати од стране fiттинг сигмоидни дозни одговор крива (променљива нагиб) до података РЛУ, користећи ГрапхПад Присм саограничења (дно = 0, топ = 100). Ако50 постоинхибиција био не постићи ат тхенајниже пlасма разблаживање оф 1/100, a 'мање него' вредност био снимљено. Све мерења вођени су у дуплициматес.

Предвиђање неутрализација заснован на АБЦОРА везивање активност. До упоредити тхе

способност оф САРС-ЦоВ-2 везивање активност измерена ин АБЦОРА 2.0 до предвидети неутрализација статус, ми измерена неутрализација активност до Вухан-Ху- 1 инСАРС-ЦоВ-2 позитивним физичка лица (N = 467) и цлассиfiед физичка лица као високанеутрализатори (НT50 > 250,N = 332) и ниско неутрализатори (НТ50 < 250,N = 135).  Сиx различит цлассиfiкатион модели су дизајниран до доделити физичка лица до тхе висока или категорија ниских неутрализатора, на основу њиховог АБЦОРА2.{1}} обрасца везивања вe естаб-

лисхед два униваријабилан логистички регресија (УЛР) модели то укључена средња МФИ-

НЕПРИЈАТЕЉ спике реактивност антигена С1 и средња вредност МФИ-ФОЕ шпица антигена РБД-а    активности, респективно. С1 и РБД су изабрани због иr највиши корелација саНТ50 (r = 0.82 и r = 0.80 за тхе укупно спике реактивности оф S1 и РБДредом, Допунски Шипак. 9). Ин додатак доова два УЛР, установили смо а мултиваријантни модел логистичке регресије укључујући оба средње вредности С1и РБД реактивности (МФИ). Вe даље осмислио три модели то разматрати све 12 САРС-ЦоВ-2        обавезујући параметерс снимљено од стране АБЦОРА 2.0. Два мултиваријабилан логистичкирегресијамодели су били засновани на главној компоненти аналисис оф све везивање активностии укључено тхе fiпрво два (редом четири) принципал компоненте, којаобјаснио60 одсто (редом75 посто) варијансе у подацима. Такође смо укључили у наше поређење модела је класификација заснована на случајном фоодморити се анализа то инкорпорирано све 12 САРС-ЦоВ-2 обавезујуће променљиве активности.

За свих шест модела, перформансе су процењене у 100 скупова за унакрсну валидацију:сваки сет био изграђен насумично узорковањем без замене међу 467мерења доступан. 80 процената скупа података је коришћено за обуку модела (Н=374).Предвиђање статуса неутрализације остварено је на осталих 20 одсто (Н=93) иупоредитиd до тхе истинито НТ50 вредност и неутрализација статус, Користећи a роц крива. Тхеобласти испод тхе крива (АУЦ) био израчунато за свих шест модела у свакој унакрсној валидацији трцати. Тхе Баиесиан информације критеријум (БИЦ) био израчунати за све fiвелогистичке регресије у свакој унакрсној валидацијиион трцати.

До повећати тхе корисност оф тхе УЛР-S1 предвиђање модел за клинички дијагностикаосмислили смоa модиfiед неутрализација предвиђање модел УЛР-S1-СПЦ заснован на тхесигнал преко граничне вредности (СОЦ).s пријавио за АБЦОРА 2.0. Тхе УЛР-S1-СПЦПроцене тхе вероватноћа оф НТ50 > 250 на основу збира вредности С1 СОЦ заИгГ, ИгА, и ИгМ као назначено ин Ек. (2).

екпðа плус б * лог 10ðсумС1СОCÞÞ    PðNT50>250Þ =

Витh процењено вредности: a = −2.6447 и b = 3.5353.

Анализиране су УЛР-С1-СОЦ процене за вероватноћу НТ50 > 100ед инаналогија (Супплементарни Сто 9 и Допунски Шипак. 10).

Удружење између ХЦоВс и САРС-ЦоВ-2 реактивности. До истражити тхе

повезаност између ХЦоВ и САРС-ЦоВ-2 реактивности, дефинисали смоw ХЦоВ одговор променљива (ХЦВ висока/ниско) за сваку класу антитела (ИгГ, ИгА, ИгМ) како следи: a пацијент имао висока ХЦВ Иг реактивност за a дато антитело класа ако његовомерења су виши него тхе медијана популације у најмање три од четири мерења ХЦоВ (ХКУ1, ОЦ43,НЛ63, 229E). До Проценитимеђузависности између ХЦоВ и САРС-ЦоВ-2 одговоре, затим смо укључили  ХЦВ одговор променљива ин a линеарни регресија модел оф САРС-ЦоВ-2реактивности у иста класа антитела. Модели линеарне регресије су процењени на субet офСАРС-ЦоВ-2 позитивна пацијента (Н=204), мерено на АБЦОРА 5.0 мање од     60 дана од позитивне РТ-ПЦР. Изабрано је ограничење на 60 данадо дозволи моделирањеофтхе ефекат оф време са сплинес. Овораздобље ограничење даљегарантовано родна равнотежа, пошто су сви даваоци реконвалесцента са дужим праћењем малес регрутовани за a плазма терапија студија (ЦПТ-ЗХП, Свиссмедиц 2020ТпП1004). Регресион анализе су прилагођено на време (дана пошта позитивним РТ-ПЦР или почетак оф симптоми; као a сплине са 3 степени оф слобода),старости (као сплине са 3 степена слобода), и роду.

Међу 204 пацијента анализован за међузависности, информације у погледухоспитализација статус (не хоспитализовани, хоспитализовани не ин ИЦУ, хоспитализовани ин ИЦУ) био познат по њих 160. За 80 пацијената имали смо узорке који суприкупљено мање од 30 дана од дијагнозе САРС-ЦоВ-2 позитивним РТ-PЦРомогућавајући процену ХЦВ-а нивоа Близу до САРС-ЦоВ-2 аквизиција. Наступили смо ан додатни анализа на ово подскуп оф пацијената Користећи реднирегресија и логистички регресион до предвидети тхе хоспитализација статус зависно на висока или ниско ИгГ ХЦоВ реактивност, прилагођено на старости (као a сплине са 3 степени оф слобода) и род. Проверили смо филитхеробусност оф тхе резултат ин a осетљивостанализа прилагођавањем на време пошто позитивe РТ-ПЦР ин додатак до старости и роду (Допунски Шипак. 15).

Статистички анализа. Статистичке анализе су обављене у Р (верзија 3.6.3).

Фигурес су направио Користећи тхе ггплот2 пакет64. Када су укључени, оквири представљају тхе фолникање: медијана са тхе средњи линија, горњи и ниже квартила са тхе границе кутије, 1.5x интерквартил распони са тхе бркови, и оутлиерс са бодова. Топлота- мапе су направио Користећи тхе ЦомплекХеатмап пакет65.Значај Спеармана ранк цоррeлације су проценио кроз асимптотички t апроксимација. Разлике ин значитиs између два групе са независни Мере су тестиран Користећи два-сидед т-тестови. Када је применљиво, мвишеструки тестирање био прилагођено Користећи Бонферони исправка за вишеструка поређења. А онe-начин АНОВА са 3 степени оф слобода био коришћени ин додатак до два-таилед т-тестови на Сл.6 да пружи увид у свеукупно наспрам групе поређење. Приликом анализе скупова података укључујућинг поновљено мерења оф тхеисте особе (сл.3а, сл.5б, сл.5ц, Супплементарни Шипак. 8a, Допунски Шипак. 11б), користили смо линеарне и мешовите моделе по степену са временом од позитивног РТ-ПЦР или време Од симптом почетак (континуирано или бинарни променљива) као fiкед еффецти појединац као a насумично ефекат. Ин тхе случај оф Шипак.5ц и допунска слика 11ц, опадајући нагиб титара неутрализације процењен је контраидеринг само појединци са неутрализација титри изнад тхе детекција нивоа (НТ50 >100) уњихово прво мерење. За све линеарне мешовите моделе, апроксим Саттертхваите-аaцијаза двострани т-тест је коришћен да би се утврдило да ли је процењени нагиб био значајанy различито од 0. Поред тога, добијени су полуживоти фром тхе пропадање стопа процењено на тхе Пријава било које МФИ-ФОЕ (Сл.5б, додатна слика 11б) или НТ50с (сл.5c,Допунски Шипак.11ц) како следи: т1/2=т0 * екп(лог10(2)/рате), са

т0=21 дана од позитиве РТ-ПЦР или Од симптом почетак. Ин Шипак. 7b, c, линеарнирегресије су коришћени до процена тхе удружење између ХЦВ и САРС-ЦоВ-2 реактивностs: a Ученик t-тест са a два-сидед хипотеза био коришћени до Проценити ако овоудружење био сигниfiцантли различито од 0.

Извештавање резиме. Даље информације на истраживања дизајн је доступан ин тхе Природа

Ресеарх Извештавање Резиме повезан до ово чланак.






    







Можда ти се такође свиђа